非法违法占用耕地的问题，主要涉及以下几个部门进行处理：
自然资源主管部门：
- 角色与职责：自然资源主管部门是土地资源管理和监督的核心机构，负责处理违法占用耕地的行为。这包括未经批准擅自改变耕地用途、在耕地上违规建房、挖砂、采石、采矿、取土等破坏种植条件的行为。
- 处理方式：该部门有权对违法占地行为进行调查、认定，并依法作出处罚，如责令退还非法占用的土地、限期拆除违法建筑、恢复土地原状，并可并处罚款。若行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
农业农村部门：
- 角色与职责：农业农村部门聚焦于农村土地管理与农业生产秩序，负责处理破坏耕地质量、违反耕地保护政策的行为。特别是因不合理农业生产活动导致的耕地退化、污染等问题，以及改变耕地用途或破坏种植条件的行为。
- 处理方式：农业农村部门会依法进行调查，并监督指导恢复耕地质量，确保耕地的合理利用和保护。
乡镇人民政府（街道办事处）：
- 角色与职责：在农村地区，乡镇政府承担具体的耕地保护工作，对初期的、情节相对较轻的占用耕地问题进行协调、制止和处理。
- 处理方式：乡镇政府可以发挥基层管理和调解作用，通过劝导、协调等方式解决纠纷，防止问题升级。
公安机关：
- 角色与职责：若耕地占用行为涉嫌犯罪，如非法占用农用地罪，公安机关负责刑事案件的侦查和处理。
- 处理方式：公安机关将按照法律程序进行调查，收集证据，并依法追究相关人员的刑事责任。
在处理非法违法占用耕地问题时，还可以采取以下措施：
- 收集证据：在维权过程中，务必收集和保留好相关证据，包括土地承包合同、权属证明、侵占行为的照片或视频等。这些证据是维护自身合法权益的关键。
- 尝试协商：在遇到耕地占用问题时，首先尝试与相关方进行沟通协商，以和平方式解决纠纷。
- 向相关部门反映：根据具体情况，向自然资源主管部门、农业农村部门、乡镇政府或公安机关等部门反映问题，并请求他们依法处理。
- 法律途径：若通过向相关部门投诉或报案无法解决问题，可以考虑通过法律途径进一步维权，如向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。
非法违法占用耕地可能面临的法律后果：
- 行政责任：包括责令限期改正或治理、罚款、没收违法所得、拆除建筑物和其他设施、恢复原种植条件以及行政处分等。
- 刑事责任：若非法占用耕地数量大且造成严重毁坏，可能涉嫌非法占用农用地罪，将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。
- 民事赔偿责任：因非法占用耕地给他人造成损失的，行为人还应承担相应的民事赔偿责任，包括赔偿农作物损失、土地复垦费用以及其他直接经济损失等。
综上所述，非法违法占用耕地的问题涉及多个部门，需要综合运用行政、法律和基层管理等手段进行应对和解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。