结论前置：在国家法定节假日加班，劳动者应获得不低于本人工资的百分之三百的工资报酬，且这百分之三百的加班工资是基于劳动者在正常工作时间下的基本工资（底薪）来计算的，为额外支付，不包含当天原本的工资。若用人单位在支付法定节假日加班工资时扣除了底薪，这是不合法的，劳动者有权要求用人单位补足差额。

一、法定节假日三倍工资的计算方法

根据《劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。具体计算方式如下：

1. 计算公式：法定节假日加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75天 × 300% × 加班天数。

   • 其中，“21.75天”是月计薪天数，依据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》规定得出，计算方法为（365天 - 104天休息日）÷ 12月 = 21.75天。
   • “月工资基数”一般按劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定；若劳动合同未约定，则按正常出勤月工资的70%确定，但不得低于当地最低工资标准。

2. 底薪与三倍工资的关系：三倍工资的计算基数是劳动者的基本工资（即底薪），且该三倍工资是额外支付的，不包含劳动者当天原本应得的正常工资。例如，若小李的月工资基数为6000元，其日工资约为275.86元（6000 ÷ 21.75）。在法定节假日加班一天，他除当天正常工资外（实际上，按照法律规定，这天的正常工资已经包含在三倍工资内，不应再单独计算），还应获得827.58元（275.86 × 300%，这里的三倍已经包含了当天的正常工资部分，所以实际是额外支付了两倍工资）的加班工资，总计应得工资为当天正常工资+827.58元中的额外两倍部分，即直接按三倍计算为827.58元（此处理解为三倍工资总额，避免重复计算当天正常工资）。更准确的表述是，小李应得的三倍工资总额为827.58元，这其中包括了他当天应得的正常工资和额外的两倍工资。

二、底薪被扣除时的处理方式

如果用人单位在支付法定节假日加班工资时扣除了底薪，这是不合法的。劳动者可以采取以下措施：

1. 与用人单位协商：首先，劳动者可以尝试与用人单位进行协商，要求用人单位补足差额。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。

3. 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付拖欠的加班工资及可能的经济补偿。

三、实际操作建议

为确保自身权益，劳动者在面临法定节假日加班时，应注意以下几点：

1. 查阅劳动合同：明确了解自己的工资构成及加班费计算方式。

2. 保留证据：如加班记录、工资单等，以备不时之需。这些证据在后续与用人单位协商、投诉或申请仲裁时都将起到关键作用。

3. 及时咨询：如有任何疑问或遇到纠纷，直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。

法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四十四条：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬： （一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬； （二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬； （三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

希望以上解答能对你有所帮助。如有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。