核心结论：酒后和员工发生关系，处理方式需根据双方意愿、是否存在强迫、是否利用职权等因素综合判断，可能涉及民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。以下分情况说明：

1. 双方自愿且无职权压迫
   若双方均处于醉酒状态但自愿发生关系，且不存在一方利用职权、地位压迫另一方的情形，一般不构成犯罪。但需注意：

   • 民事责任：若员工事后主张“醉酒状态下无法有效同意”，可能以“违背公序良俗”为由要求赔偿（如精神损害抚慰金），需结合具体证据（如监控、证人）判断是否构成“违背意愿”。
     
   • 职场影响：即使法律上无责任，公司可能以“违反职业道德”为由解除劳动合同，需提前查阅员工手册或劳动合同中的相关条款。

2. 一方利用职权或地位强迫
   若存在“利用职权、从属关系，以言语、举止等对对方施加压力，迫使对方违背意愿发生关系”的情形，可能构成《刑法》第236条强奸罪（尤其当员工因醉酒无法反抗时）。此时需立即：

   • 保留证据：如现场痕迹、聊天记录、证人证言等，证明对方非自愿；
     
   • 报警处理：公安机关会立案侦查，若证据充分，将追究刑事责任；
     
   • 民事赔偿：受害方可同时提起刑事附带民事诉讼，要求赔偿医疗费、误工费、精神损害抚慰金等。

3. 员工事后反悔或举报
   即使当时“自愿”，若员工事后以“醉酒导致判断力下降”为由主张被侵害，需结合以下因素判断：

   • 双方饮酒量、是否主动劝酒；
     
   • 发生关系时的具体行为（如是否反抗、是否明确同意）；
     
   • 事后是否立即报警或告知他人。
     建议：立即停止一切接触，避免私下协商（可能被认定为“威胁”或“贿赂”），配合警方调查，并咨询律师制定应对策略。

行动建议：

• 若您是涉事方，无论角色如何，立即停止争议行为，避免事态扩大；
  
• 收集并保留所有相关证据（如聊天记录、监控、证人联系方式）；
  
• 根据具体情节，可能需要向警方说明情况或应对民事诉讼，建议尽快向我详细描述事件经过（如时间、地点、双方关系、饮酒情况等），以便进一步分析法律风险。