结论：单位员工已离职且资质证书还在系统中，若单位不支付报酬，该员工一般不能参加该公司的评标，但具体还需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
从劳动关系与报酬支付角度
劳动关系存续与报酬支付义务：
- 员工离职后，与原单位之间的劳动关系即告终止。根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，用人单位在劳动关系存续期间有支付劳动者报酬的义务，但离职后，这一义务通常也随之终止（除非存在未结清的工资、奖金、经济补偿等）。
- 若单位未支付离职员工应得的报酬（如未结清的工资、奖金等），这属于劳动纠纷范畴，员工可以通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的权益。然而，这并不直接决定员工能否参加公司的评标。
报酬支付与评标资格无直接关联：
- 评标资格通常与员工的资质、经验、专业能力以及是否与公司存在利益冲突等因素有关，而与单位是否支付报酬无直接联系。
- 即使单位未支付报酬，这也不构成员工参加评标的法律障碍。但反过来，单位也不能以未支付报酬为由，剥夺员工参加评标的合法资格（除非该资格与报酬支付有明确的合同或规定关联）。
从评标资格与利益冲突角度
评标资格的要求：
- 评标通常要求参与者具备相应的专业资质和经验，且与公司无利益冲突。这是确保评标公正性和客观性的重要前提。
- 离职员工若其资质证书仍在系统中，且该证书是评标所必需的，那么从资质角度看，员工可能具备参加评标的条件。
利益冲突的考量：
- 离职员工与公司之间可能存在潜在的利益冲突，尤其是当离职原因与公司业务、管理或财务等方面有关时。
- 若员工因离职而与公司产生纠纷或不满，这可能影响其在评标过程中的公正性和客观性。因此，公司可能会基于利益冲突的考虑，拒绝离职员工参加评标。
从实际操作与合同约定角度
公司内部规定与合同约定：
- 公司可能内部有规定，明确离职员工不得参加公司的评标活动。这种规定若合法且合理，且员工在离职时已知悉并同意，那么员工应遵守这一规定。
- 若员工与公司在离职时签订了相关协议，明确约定了离职后不得参加公司评标等事项，那么员工也应遵守这一约定。
实际操作中的灵活性：
- 在实际操作中，公司可能会根据具体情况对离职员工参加评标的问题进行灵活处理。例如，若员工离职时间较短、对公司业务仍较熟悉且无利益冲突，公司可能会考虑允许其参加评标。
建议：
- 对于离职员工而言，若希望参加原公司的评标活动，应首先了解公司内部规定和合同约定，确保自己符合参加评标的条件。
- 若公司拒绝离职员工参加评标且理由不充分或存在争议，员工可以与公司进行沟通协商，或寻求法律途径来维护自己的权益。
- 对于公司而言，应制定明确、合理的评标资格规定，并在实际操作中遵循这些规定，以确保评标的公正性和客观性。
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