核心结论：农村自建房未办理产权证，在婚内财产协议中可以通过明确房屋基本情况、约定归属及使用、注明产权证办理事项等方式进行约定，但需注意协议的合法性、有效性以及后续可能面临的风险。以下是具体说明：

1. 明确房屋基本情况

   • 在婚内财产协议中，要详细准确地描述农村自建房的具体位置，包括所在的省、市、县、乡、村以及具体的门牌号等，确保房屋的唯一性和可识别性。
   • 说明房屋的建筑结构，如砖混结构、土木结构等，以及房屋的层数、面积等信息。例如，协议中可以写明“位于[具体地址]的农村自建房，为砖混结构三层楼房，建筑面积约为[X]平方米”。
   • 描述房屋的建造时间，这有助于确定房屋的建造背景和相关权益的形成时间。

2. 约定房屋归属及使用

   • 归属约定：双方可以明确约定该农村自建房归一方所有，或者归双方共同所有。如果约定归一方所有，要明确另一方对该房屋不再享有任何权益；如果约定归双方共同所有，需进一步明确各自所占的份额，如按份共有或共同共有。例如，“该农村自建房归甲方个人所有，乙方对此房屋不再主张任何权利”或者“该农村自建房归甲乙双方共同所有，甲方占有60%的份额，乙方占有40%的份额”。
   • 使用约定：除了归属，还可以对房屋的使用进行约定。比如，约定房屋由哪一方居住使用，或者双方共同居住使用时各自的权利和义务。例如，“该房屋由甲方居住使用，乙方不得干涉甲方正常使用该房屋”；或者“甲乙双方共同居住使用该房屋，双方应共同维护房屋的整洁和完好，不得擅自改变房屋结构”。

3. 注明产权证办理事项

   • 由于房屋未办理产权证，在协议中可以约定由哪一方负责办理产权证，以及办理产权证的时间节点和费用承担方式。例如，“甲方负责在[具体日期]前办理该农村自建房的产权证，办理产权证所需的一切费用由甲方承担”。
   • 同时，要考虑到可能出现的办理产权证困难的情况，约定相应的处理方式。比如，如果因政策等原因无法办理产权证，双方对房屋的权益如何处理，是维持现状还是按照其他方式进行分配。

4. 确保协议的合法性和有效性

   • 自愿平等：婚内财产协议必须是双方在自愿、平等的基础上签订的，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方是在被胁迫的情况下签订协议，该协议可能会被认定为无效。
   • 不违反法律规定和公序良俗：协议的内容不能违反法律法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。例如，不能通过协议将农村自建房非法转让给集体经济组织以外的成员。
   • 书面形式：婚内财产协议应当采用书面形式，口头协议在发生纠纷时难以证明其内容和真实性。

5. 后续风险及应对

   • 产权纠纷风险：由于没有产权证，在房屋的权属认定上可能存在争议。如果日后涉及拆迁、继承等问题，可能会引发纠纷。为了避免这种情况，可以在协议中约定在遇到相关问题时双方的处理方式和协商机制。
   • 协议履行风险：一方可能不按照协议约定履行义务，如不配合办理产权证、不遵守房屋使用约定等。此时，另一方可以通过法律途径维护自己的权益，如向法院提起诉讼，要求对方履行协议义务或承担违约责任。

在签订婚内财产协议前，建议双方充分沟通，明确各自的意愿和需求。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。