婚内财产协议可以约定农村自建房。

一. 农村自建房属于夫妻共同财产

• 农村自建房在婚姻关系存续期间建造，即便其土地性质有别于一般商品房用地，但仍属于夫妻共同财产。夫妻二人有权利通过书面协议这种形式，来对农村自建房的产权做出约定。
• 例如，如果夫妻双方在婚后共同出资建造了农村自建房，那么这所房屋就属于夫妻共同财产，双方可以在婚内财产协议中明确其归属。

二. 婚内财产协议的有效性

• 婚内财产协议是夫妻对婚姻期间及婚前财产的约定，对于农村自建房，双方可通过该协议明确其具体信息，如房屋位置、面积等，同时约定归属，是归一方所有还是共同所有等，并规定违约责任。
• 协议需遵循自愿、平等、公平原则，确保双方真实意愿的表达，且内容必须符合法律规定，不能违反公序良俗等，否则可能会导致协议部分或全部无效。

三. 协议的签订与执行

• 协议应采用书面形式，详细写明自建房的具体位置、面积大小、建造时间等基本情况，以及关于自建房的归属约定等关键内容，最后由夫妻双方亲自签字确认。
• 在双方完全自愿且符合法律规定的前提下，这样的协议是具有法律效力的，能够有效避免日后可能因自建房产生的各种财产纠纷。

综上所述，婚内财产协议完全可以约定农村自建房的归属等事宜。但请务必确保协议内容合法、明确，且遵循相关法律法规的规定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。