婚内可以通过签订合法有效的财产协议，将农村自建房约定留给未成年小孩，但需注意以下要点：

1. 协议主体与形式
   协议需由夫妻双方共同签订，且双方均具备完全民事行为能力。协议形式建议采用书面形式，并由双方签字确认，必要时可进行公证以增强法律效力。若涉及未成年人权益，可邀请第三方见证（如亲属或律师），但公证并非强制要求。

2. 协议内容合法性

   • 产权明确：需确认自建房的产权归属。若房屋为夫妻共同财产，双方均有权处分；若为个人财产，需另一方书面同意放弃相关权益。
     
   • 未成年人权益保护：协议中应明确房屋归未成年子女所有，并约定由父母（或一方）代为管理，直至子女成年。可附加条件（如子女成年后自动过户），但需符合法律规定。
     
   • 避免无效条款：不得约定剥夺子女法定继承权、违反公序良俗或损害第三方利益的内容，否则可能导致协议部分或全部无效。

3. 过户与登记问题

   • 现状限制：根据《民法典》及相关规定，不动产登记是物权变动的生效要件。若房屋仍登记在夫妻名下，即使协议约定归子女，子女在法律上仍非所有权人。
     
   • 过户建议：可在协议中约定，待子女成年后或满足特定条件（如离婚、分家析产）时，夫妻配合办理过户手续。若子女未成年，可先由父母代持产权，但需通过遗嘱或赠与合同进一步明确。

4. 实际履行风险

   • 夫妻反悔：若一方在协议签订后反悔，可能引发纠纷。建议通过公证或律师见证增强协议效力，并在协议中约定违约责任（如赔偿损失）。
     
   • 外部债务影响：若房屋未过户且夫妻对外负债，债权人可能申请强制执行该房产。此时，子女可依据协议主张权利，但需通过诉讼确认协议效力，过程可能复杂。

5. 操作建议

   • 提前规划：在协议签订前，确认房屋产权清晰，无争议或抵押登记。
     
   • 专业协助：可委托律师起草协议，确保条款合法、无歧义，并指导后续过户或管理事宜。
     
   • 动态调整：若家庭情况变化（如再婚、子女成年），可及时修订协议或通过遗嘱补充安排。

总结：婚内通过协议将农村自建房留给未成年子女是可行的，但需确保协议合法、明确，并考虑后续过户和实际履行风险。如有具体操作疑问，可进一步向我咨询细节。