结论：招标合同工程竣工后，发包方与承包方在招标价以外签订工程造价确认协议，这一行为是否合法有效，需根据具体情况来判断，但一般情况下，若该协议不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思表示，则该协议是合法有效的。以下从不同角度进行详细分析：

一、协议签订的合法性基础

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同内容。因此，发包方与承包方在工程竣工后，就工程造价进行再次确认并签订协议，是合同自由原则的体现。

2. 不违反招投标法规定：虽然工程是通过招标方式确定的，但招投标法并未禁止工程竣工后双方就工程造价进行协商并签订补充协议。关键在于，该补充协议是否改变了原招标文件和中标文件中的实质性内容。如果补充协议仅是对原合同中未明确或需调整的部分进行细化或修正，且不损害国家、集体或第三人的利益，那么该协议是合法的。

二、协议签订需注意的事项

1. 协议内容需明确具体：工程造价确认协议应详细列明双方确认的工程造价金额、计算依据、支付方式等关键条款，以避免后续产生争议。

2. 双方意思表示真实：协议的签订必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时存在重大误解或显失公平的情况，该协议可能面临被撤销或变更的风险。

3. 不损害第三方利益：协议的签订不得损害国家、集体或第三人的利益。例如，如果协议中约定的工程造价远低于市场价，且存在偷逃税款等违法行为，那么该协议将因违法而无效。

三、可能面临的法律后果

1. 协议有效：如果工程造价确认协议符合上述合法性基础和注意事项，那么该协议将是合法有效的，对双方具有约束力。双方应按照协议约定履行各自义务，否则将承担违约责任。

2. 协议无效或可撤销：如果协议存在违反法律法规强制性规定、违背公序良俗、存在欺诈或胁迫等情形，或者损害国家、集体或第三人利益的情况，那么该协议可能面临被宣告无效或被撤销的风险。此时，双方应恢复原状或根据过错程度承担相应的法律责任。

四、建议

1. 在签订协议前进行充分沟通：发包方与承包方在签订工程造价确认协议前，应就工程造价的确定依据、计算方法等关键问题进行充分沟通，确保双方对协议内容有清晰、一致的理解。

2. 咨询专业律师意见：由于工程造价确认协议涉及复杂的法律问题和专业知识，建议双方在签订协议前咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。

3. 保留相关证据材料：在签订和履行协议过程中，双方应妥善保留相关证据材料，如协议文本、沟通记录、支付凭证等，以备后续可能出现的争议解决之需。

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