二手房增值税由买方承担在民事约定层面是合法的，但需注意该约定应明确、合法，并符合税收法规。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定与原则
法定纳税人：
- 根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条，在中华人民共和国境内销售不动产的单位和个人，为增值税的纳税人。因此，从法律层面看，二手房交易的增值税纳税人是卖方。
税负转嫁：
- 虽然法律规定由卖方缴纳增值税，但在实际交易中，由于市场供需关系、谈判地位等因素，税负可能会通过价格机制转嫁给买方。这种税负转嫁是市场经济中的常见现象，但并不改变法律规定的纳税人身份。
二、实际操作与合同约定
合同约定：
- 在二手房交易中，买卖双方可以在合同中明确约定税费的承担方。如果合同约定由买方承担增值税，那么买方就需要按照合同约定支付这部分费用。这种约定在民事法律层面上是基于双方的意思自治，具有法律效力。
市场惯例：
- 在某些地区或市场环境下，可能存在由买方承担全部或部分税费的市场惯例。但这并不具有普遍性，也不代表法律上的规定。因此，在签订合同时，双方应明确约定税费承担条款，以避免后续纠纷。
三、影响税费承担的因素
市场供需关系：
- 当市场需求旺盛时，卖方可能将税费成本转嫁给买方；而在市场低迷时，卖方则更可能自行承担税费以吸引买家。
地区政策差异：
- 不同地区的税收政策可能存在差异，这也会影响税费的最终承担方。例如，某些地区可能对特定类型的房产交易提供税收优惠或减免。
房屋性质与持有时间：
- 房屋的产权性质（如商品房、经济适用房等）以及持有时间的长短都可能影响税费的计算方式和承担方。一般来说，非普通住宅或持有时间较短的房产可能需要缴纳更高的税费。
四、实践操作中的建议
明确合同条款：
- 为避免后续纠纷，建议在购房合同中明确约定税费的承担方和具体金额。这样可以在发生争议时有据可依。
咨询专业人士：
- 由于税费政策复杂多变，且涉及法律条款的解读，建议在交易前咨询专业的税务师或律师（即向我咨询），以确保对税费有准确的理解和合理的规划。
保留证据：
- 在交易过程中，双方应妥善保管相关证据和文件，如合同、付款凭证、税务申报表等，以备不时之需。
五、特殊情况与注意事项
满两年免税政策：
- 对于个人将购买不足2年的住房对外销售的，需要全额缴纳增值税；而对于个人将购买2年以上（含2年）的普通住房对外销售的，则免征增值税。这一政策旨在鼓励长期持有房产，减少短期炒作行为。
税务合规性：
- 无论税费最终由谁承担，都应确保税务处理的合规性。买卖双方应如实申报交易价格和相关税费，避免逃税漏税等违法行为。
综上所述，二手房增值税由买方承担在民事约定层面是合法的，但双方应确保约定的明确性、合法性和可操作性，并充分考虑市场行情和潜在风险。在实际操作中，建议双方咨询专业人士（即向我咨询）以确保交易的顺利进行。