两个月的工资一起发放时，扣税是否合法，这主要取决于具体的税务处理方式和税法规定。以下从几个方面进行详细分析：

1. 税务合并计税的合法性：

   • 根据我国税法的相关规定，个人所得税是按照个人所得的实际金额和适用的税率来计算的。如果两个月的工资合并发放，理论上应该按照合并后的总金额来计算应纳税额，而不是简单地将两个月的税额相加。这种合并计税的方式本身是合法的，但关键在于如何正确计算和申报。
   • 计算公式：应纳税额 = （合并工资 - 起征点 - 专项扣除 - 专项附加扣除）× 适用税率 - 速算扣除数。其中，合并工资为两个月工资的总和，起征点、专项扣除、专项附加扣除以及适用税率和速算扣除数均根据税法规定确定。

2. 税务处理的合规性：

   • 雇主在合并发放工资时，必须确保按照税法规定正确计算和代扣代缴个人所得税。如果雇主在合并计税时存在错误或故意隐瞒，导致少缴或未缴税款，那么这种行为就是不合法的，可能会面临税务机关的处罚。
   • 雇主应保留完整的工资发放记录和税务申报资料，以备税务机关的核查。

3. 员工权益的保护：

   • 作为员工，你有权了解自己的工资构成和税务处理情况。如果雇主在合并发放工资时未按照税法规定进行税务处理，你有权向雇主提出质疑并要求更正。
   • 如果雇主拒绝更正或存在其他违法行为，你可以向当地税务机关举报或寻求法律援助。

4. 特殊情况下的税务处理：

   • 在某些特殊情况下，如员工离职、休假等，可能会存在工资发放的延迟或合并。在这种情况下，雇主应提前与员工沟通并说明税务处理方式，确保员工的权益不受损害。
   • 如果因为特殊原因导致工资合并发放，且税务处理方式存在争议，建议双方协商解决或寻求专业税务律师的帮助。

总结与建议：

• 两个月的工资一起发放时，扣税是否合法取决于税务处理方式是否符合税法规定。
• 雇主应确保按照税法规定正确计算和代扣代缴个人所得税，并保留完整的工资发放记录和税务申报资料。
• 作为员工，你有权了解自己的工资构成和税务处理情况，并在必要时向雇主提出质疑或寻求法律援助。
• 如果遇到税务处理方面的争议或问题，建议咨询专业税务律师以获取更具体的法律建议。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。