结论：在现行法律体系下，“免予起诉”制度已被废除，我们主要依据“不起诉”制度来处理相关案件。以下是对“免予起诉”和“不起诉”的详细区别分析：

一、历史背景与制度变革

1. 免予起诉：在2012年《刑事诉讼法》修改之前，存在“免予起诉”制度。它是指检察机关对构成犯罪但依法不需要判处刑罚或可免除刑罚的被告人，决定不提起公诉的制度。然而，这一制度因缺乏司法审判程序、可能侵犯被告人权利等问题，于1996年被《刑事诉讼法》废除（后彻底于2012年修法时删除相关概念）。

2. 不起诉：现行《刑事诉讼法》中保留了“不起诉”制度，并新增了附条件不起诉（主要适用于未成年人刑事案件），以更准确地反映法律精神和保障人权。不起诉是指检察机关对侦查终结的案件审查后，认为不符合起诉条件（如证据不足、情节轻微等），依法作出不将案件移送法院审判的决定。

二、性质与适用条件

1. 免予起诉（历史制度）：

   • 性质：兼具程序和实体性质，类似有罪认定但未进行审判。
   • 适用条件：适用于犯罪嫌疑人行为构成犯罪，应负刑事责任，但依法不需判处刑罚或可免除刑罚的情况。

2. 不起诉：

   • 性质：程序性决定，非实体定罪。它体现了无罪推定原则，即未经法院审判，不得认定任何人有罪。
   • 适用条件：
     • 法定不起诉：犯罪嫌疑人无犯罪事实或符合《刑事诉讼法》规定的六种不追究刑事责任情形之一（如情节显著轻微、已过追诉时效等）。
     • 酌定不起诉：犯罪情节轻微，依法不需判处刑罚或可免除刑罚（如自首、立功、积极赔偿损失并取得谅解等）。
     • 证据不足不起诉：经补充侦查仍证据不足，不符合起诉条件。
     • 附条件不起诉：主要适用于未成年人刑事案件，在一定条件下可以暂不起诉。

三、法律后果

1. 免予起诉（历史制度）：

   • 法律后果：犯罪嫌疑人行为被认定为犯罪，但因某些原因不进行刑事处罚，可能留下犯罪记录，影响名誉权和后续权益（如就业、政审）。

2. 不起诉：

   • 法律后果：
     • 法定不起诉和证据不足不起诉：犯罪嫌疑人在法律上不被认定为有罪，无犯罪记录。
     • 酌定不起诉：虽被认为构成犯罪，但因情节轻微等原因不起诉，对当事人名誉等影响相对较小，通常也不留犯罪记录。
   • 救济途径：被不起诉人不服决定可在规定时间内向人民检察院申诉；被害人对不起诉决定不服的，可以向上一级人民检察院申诉，也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。

四、程序处理

1. 免予起诉（历史制度）：

   • 程序处理：原需经过审查和决定程序，由检察机关根据案件事实和法律规定作出决定。但这一程序缺乏公开审判环节，容易引发争议。

2. 不起诉：

   • 程序处理：由人民检察院根据案件具体情况，按法定程序审查决定。决定后公开宣布不起诉决定书，送达被不起诉人及其单位，被押者应立即释放。这一程序更加公开、透明，保障了当事人的诉讼权利。

五、实际案例说明

• 不起诉案例：某企业涉嫌轻微污染环境罪，检察机关综合考量其自首、积极整改等因素，决定不起诉。该企业得以继续经营，且未留下犯罪记录。
• 免予起诉历史遗留问题：上世纪80年代，部分案件因“免予起诉”导致当事人长期背负“有罪”标签，直至制度废除后才得以纠正。这体现了“免予起诉”制度可能带来的不公平后果。

总结与建议：在当前法律体系下，我们应准确使用“不起诉”这一表述，避免混淆“免予起诉”这一已废止的概念。在处理刑事案件时，检察机关应根据具体法律规定和案件情况，严格遵循不起诉制度的适用条件和程序要求。对于符合不起诉条件的案件，应依法作出不起诉决定，以保障当事人的合法权益和维护法律的权威性与公正性。如果您在司法行政方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。