针对您提出的“查不清的案子怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及司法程序和法律规定的复杂问题。以下是我根据相关法律法规和司法实践，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确“查不清的案子”通常指的是犯罪事实不清或证据不足的刑事案件。这类案件的特点在于，虽然涉嫌犯罪，但由于部分事实未查清或部分证据未收集到，导致无法对犯罪嫌疑人进行定罪量刑。
对于这类案件的处理，我国法律有明确的规定，主要分为以下几个阶段：
侦查阶段：
- 在侦查阶段，如果发现犯罪事实不清或证据不足，办案单位通常不会直接撤案，因为撤案需要满足特定的法律条件，而这类案件往往不符合这些条件。
- 实践中，对于确实无法查清事实或收集到充分证据的案件，办案单位可能会考虑将其移送检察院，以符合存疑不起诉的条件进行审查。但这一做法需要法律上的进一步明确和完善。
检察院审查起诉阶段：
- 如果案件进入检察院审查起诉阶段，且检察院认为犯罪事实不清、证据不足，需要补充侦查的，会要求办案单位进行补充侦查。
- 补充侦查后，如果检察院仍然认为证据不足、不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。这种不起诉决定通常被称为“存疑不起诉”。
法院审判阶段：
- 如果案件进入法院审判阶段，且法院认为证据不足、不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
此外，针对侦查阶段查不清的案子，有观点认为应当完善相关法律规定，明确在侦查终结时发现案件犯罪事实不清、证据不足的，可以作为移送不起诉的一个条件。这一建议旨在解决当前司法实践中对于这类案件处理缺乏明确法律依据的问题。
总结与建议：
- 对于查不清的案子，其处理方式取决于案件所处的司法阶段和具体情况。
- 在侦查阶段，办案单位应尽力收集证据、查清事实，如果确实无法查清或收集到充分证据，应考虑将其移送检察院进行审查。
- 检察院和法院在审查起诉和审判阶段，应严格依据法律规定和证据情况作出决定，确保司法公正和效率。
- 建议完善相关法律规定，明确侦查阶段查不清的案子的处理方式，为司法实践提供明确的法律依据。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。