在等待交通事故责任认定书期间，营运车辆的停运费应由谁来承担，这主要取决于事故责任认定以及保险公司的相关条款。下面我将为您详细解析这个问题：

首先，我们需要明确什么是停运损失费。停运损失费是指在道路交通事故中，依法从事货物运输或旅客运输等经营性活动的车辆，因交通事故无法进行正常的货物运输或旅客运输经营，从而造成的经济收入减少或日常停运损失。这类车辆主要包括出租汽车、预约出租汽车（网约车）、营运大货车等。

接下来，我们分析停运损失应由谁来承担：

1. 侵权人承担：

   • 根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》的相关规定，因道路交通事故造成依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人请求侵权人赔偿的，人民法院应予支持。
   • 这意味着，如果事故是由另一方的过错导致的，那么停运损失应由侵权人（即事故责任方）来承担。

2. 保险公司是否赔偿：

   • 停运损失属于可得利益损失，通常不被视为因交通事故所产生的直接损失，而是间接财产损失。
   • 交强险通常不赔付停运损失。
   • 对于商业第三者责任险是否理赔停运损失，这取决于具体的保险合同条款。如果保险公司对停运损失费免赔条款已尽到免责条款提示和说明义务（如在投保单上投保人已在相关免责条款提示栏处签名确认，保险人在保单上对免责条款进行了加黑加粗处理等），那么保险公司在商业第三者责任险范围内免赔，停运损失由实际侵权人进行赔偿。

在等待责任认定书期间，如果您是受损车辆的登记所有人，且车辆属于营运车辆，您可以采取以下措施：

• 收集证据：包括道路运输证、运营证、车辆行驶证、道路运输从业资格证、驾驶证等证明车辆系合法从事经营性活动的证据；交通事故责任认定书（虽然尚未出具，但可作为后续索赔的依据）；车辆维修证明、维修清单、维修交付手续等证明合理停运时间的证据；以及被侵权人本人一年内平均营业收入的证据材料。

• 与侵权人或保险公司协商：在责任认定书出具前，您可以尝试与侵权人或保险公司协商停运损失的赔偿问题。如果协商无果，您可以等待责任认定书出具后，通过法律途径解决。

• 法律途径：如果协商不成，您可以在责任认定书出具后，向法院提起诉讼，要求侵权人赔偿停运损失。法院将根据事故责任认定、保险合同条款以及相关法律法规进行裁决。

综上所述，等待责任认定书期间的停运费应由侵权人承担，但具体是否由保险公司赔偿取决于保险合同条款。建议您在收集好相关证据后，与侵权人或保险公司进行协商，或通过法律途径解决争议。