针对您提出的“第二中标候选人项目经理有在建要怎么处理”这一问题，这是一个涉及招标流程合规性、合同条款以及项目管理风险的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、法律法规及招标规则层面的考量

首先，我们需要明确的是，许多招标项目的招标文件中都会明确规定，拟派项目经理在投标时不得有在建项目。这一规定旨在确保项目经理能够全身心投入到新项目中，保障项目的顺利实施。如果第二中标候选人的项目经理确实存在在建项目，那么这很可能违反了招标文件的规定，甚至可能触及《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例的底线。

二、招标人的应对措施

1. 调查核实： 招标人应立即对第二中标候选人的项目经理是否存在在建项目进行详细调查。这包括向相关项目业主、建设管理部门核实情况，确保信息的准确性。

2. 沟通解释： 在调查核实的基础上，招标人应与第二中标候选人进行沟通，要求其就项目经理在建项目情况作出书面解释，并提供合理说明。这有助于招标人全面了解情况，为后续决策提供依据。

3. 决策行动：

   • 如果在建项目对本项目实施构成重大不利影响，招标人可依据招标文件及法律法规取消其中标资格，并没收投标保证金。随后，招标人可以依次确定下一名中标候选人，或者重新组织招标。
   • 如果第二中标候选人能够证明在建项目对本项目无实质性影响，并且获得了招标人的认可，那么招标人可能允许其继续履行合同。但在此情况下，必须采取相应的保障措施，如增加项目管理团队的关键人员，以确保项目的顺利实施。

三、对项目实施的影响及风险评估

1. 进度与质量风险： 项目经理同时负责多个项目很可能导致精力分散，从而增加项目进度拖延和质量事故的风险。这是招标人在决策时必须充分考虑的因素。

2. 法律责任： 如果因项目经理在建项目导致无法按时履行合同或造成质量问题，第二中标候选人可能需承担违约责任及相应法律后果。这不仅会影响其声誉，还可能对其未来的招投标活动产生不利影响。

四、应对策略与建议

1. 立即核实与评估： 在得知第二中标候选人项目经理有在建项目后，招标人应立即进行核实与评估，确保信息的准确性，并评估其对本项目的影响。

2. 积极沟通与协商： 招标人应与第二中标候选人保持密切沟通，共同探讨解决方案。这可能包括更换项目经理、调整项目计划等，以确保项目的顺利实施。

3. 审查合同条款与法律咨询： 招标人应仔细审查合同条款，明确双方的权利义务。在必要时，咨询专业法律顾问或律师，获取具体、专业的建议和指导，以确保决策的合法性和合规性。

4. 制定应急预案： 招标人应提前评估可能面临的法律风险，并制定相应的应急预案和应对策略。这有助于在出现问题时迅速应对，减少损失和影响。

综上所述，处理第二中标候选人项目经理有在建项目的问题需要招标人保持冷静和理性，严格按照法律法规和招标文件规定进行。通过调查核实、沟通解释、决策行动以及制定应对策略等步骤，招标人可以维护自身合法权益和项目的顺利实施。