员工不遵守公司规章制度，公司并非在所有情况下都可以直接扣工资。是否可以扣工资以及如何扣，需要依据具体情况和相关法律法规来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、可以扣工资的情况及限制
员工过错造成损失：
- 如果员工因个人工作失误或故意行为给公司造成了经济损失，且劳动合同中有明确约定可以从工资中扣除赔偿，那么公司可以在一定范围内扣除员工的工资作为赔偿。
- 扣除限制：根据《工资支付暂行规定》第十六条，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
绩效考核不达标（需合法合规）：
- 如果公司的绩效考核制度经过民主程序制定并公示，且员工知晓并同意该制度，那么在员工绩效考核不达标的情况下，公司可以根据制度规定扣除相应的绩效工资。
- 操作原则：这种扣除必须基于公平、公正的原则，且不能违反相关法律法规的规定。
二、不可以扣工资的情况
无合法依据的罚款：
- 公司不得以任何名义对员工进行罚款，除非有明确的法律依据或劳动合同中的特别约定。
非经济损失的惩罚性扣除：
- 对于员工迟到、早退等违反公司规章制度的行为，如果未造成实际经济损失，公司通常无权直接从工资中扣除款项作为惩罚。
超出法定限额的扣除：
- 即使员工因过错给公司造成了经济损失，公司扣除其工资时也必须遵守法律规定的限额和程序。
三、实际操作建议
完善规章制度：
- 公司应建立健全的规章制度，明确员工的行为规范和奖惩措施，并确保这些制度经过民主程序制定并公示。这样，在处理员工违反规章制度的问题时，公司有明确的依据和操作流程。
加强沟通与培训：
- 通过培训和沟通让员工了解公司的规章制度和绩效考核制度，增强员工的合规意识和责任感。这有助于减少员工违反规章制度的行为，从而降低公司因处理此类问题而产生的法律风险。
合法合规操作：
- 在处理员工违反公司制度的问题时，公司应确保所有操作都符合法律法规的要求。例如，在扣除员工工资时，必须遵守法律规定的限额和程序，避免引发劳动纠纷。
四、法律后果
如果公司违反法律法规的规定扣除员工工资，可能会面临以下法律后果：
- 劳动行政部门责令支付：根据《劳动保障监察条例》第二十六条，劳动保障行政部门可以责令公司限期支付劳动者的工资报酬，并可能加付赔偿金。
- 员工申请支付令：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，员工可以依法向当地人民法院申请支付令，要求公司支付拖欠的工资报酬。
总结来说，员工不遵守公司规章制度时，公司不能随意扣工资。公司应依据法律法规和规章制度的规定，合法合规地处理员工违反规章制度的问题。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。