公司扣除年假天数的计算方式需根据具体情形确定，核心原则是遵循《职工带薪年休假条例》及地方性法规，结合公司规章制度（需经民主程序且不违法）综合判断。以下是具体分析：

1. 法定扣除情形及计算规则
   根据《职工带薪年休假条例》第四条，职工有下列情形之一的，不享受当年的年休假（即全额扣除）：

   • 依法享受寒暑假，且休假天数多于年休假天数的；
     
   • 累计工作满1年不满10年的职工，请病假累计2个月以上的；
     
   • 累计工作满10年不满20年的职工，请病假累计3个月以上的；
     
   • 累计工作满20年以上的职工，请病假累计4个月以上的。
     计算要点：若职工符合上述任一情形，公司可直接扣除当年全部年假天数，无需额外补偿。

2. 公司自主扣除的合法边界
   若公司以“绩效考核不达标”“未完成工作任务”等非法定理由扣除年假，需满足以下条件：

   • 规章制度合法：扣除规则需写入公司规章制度，且经职工代表大会或全体职工讨论通过（民主程序）；
     
   • 内容不违法：不得与《职工带薪年休假条例》冲突（如不得规定“未签合同扣除年假”等）；
     
   • 比例合理：扣除天数需与职工过错程度匹配（如迟到1次扣1天年假可能被认定为不合理）。
     计算要点：若公司规章制度合法且扣除比例合理，可按规则执行；否则职工有权要求补休或支付300%未休年假工资（详见下文）。

3. 未休年假的补偿规则
   若公司因工作安排导致职工未休年假，需按日工资收入的300%支付未休年假工资（包含正常工资，即额外支付200%）。
   计算示例：职工月工资6000元（日工资275.86元），未休5天年假，公司应支付补偿=275.86×5×200%=2758.6元（另已支付正常工资）。
   例外情形：若职工书面同意不休年假，公司可仅支付正常工资，但需保留书面证据。

行动建议：

• 若公司扣除年假的依据不合法（如无规章制度或规章制度违法），可向公司提出异议，要求补休或支付补偿；
  
• 若公司拒绝，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁（需在1年内提出）；
  
• 保留劳动合同、工资条、考勤记录等证据，以备维权使用。
  

如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。