工程招标文件规定由中标人支付工程监理费用，这一做法的合法性需结合具体情况分析，但通常来说，若该约定不违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实，则可能是合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同自由原则的角度
根据合同法的相关规定（现《民法典》合同编），合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同的内容。因此，如果招标文件和中标通知书等文件中明确约定了由中标人支付工程监理费用，且这一约定是双方真实意思的表示，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么该约定在法律上是有效的。
二、工程监理费用的承担惯例
在工程建设领域，工程监理费用的承担通常有一定的惯例。一般来说，工程监理费用是由建设单位（即业主）承担的，因为监理是受建设单位委托对工程建设进行监督管理的。然而，这并不意味着在所有情况下工程监理费用都必须由建设单位承担。如果双方通过招标文件等书面形式明确约定了由中标人（即施工单位）承担工程监理费用，且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定也是可以被接受的。
三、可能存在的法律风险
尽管从合同自由原则的角度来看，双方可以约定由中标人支付工程监理费用，但这一做法也可能带来一定的法律风险。例如：
违反法律法规的强制性规定：如果相关法律法规明确规定了工程监理费用必须由建设单位承担，那么双方约定由中标人承担则可能因违反法律法规的强制性规定而无效。不过，就目前我所了解的法律法规而言，并没有明确规定工程监理费用必须由哪一方承担。
显失公平：如果工程监理费用过高，且中标人在投标时并未充分了解或预见到这一费用，那么该约定可能因显失公平而被撤销或变更。中标人在签订合同时应仔细审查招标文件中的各项条款，包括工程监理费用的承担方式，以确保自己的权益不受损害。
四、建议
对于建设单位：在招标文件中明确工程监理费用的承担方式时，应充分考虑市场惯例和法律法规的规定，避免约定过于苛刻或不合理的条款，以免引发纠纷。
对于中标人：在投标前应仔细审查招标文件中的各项条款，包括工程监理费用的承担方式。如果认为该约定不合理或存在风险，应及时与建设单位进行沟通协商，或在投标文件中提出异议。
双方：在签订合同时，应确保合同条款的明确性和具体性，避免使用模糊或歧义的表述。同时，双方应保留好相关证据材料，以备在发生纠纷时能够证明自己的主张。
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