结论：城建局在审查中发现串通投标行为但已过追诉期时，不能直接以“超过追诉期”为由申请终止审查，但可依法作出相应处理决定。具体分析如下：

1. 行政审查与刑事追诉的区分
   城建局作为行政机关，其审查行为属于行政程序，与刑事追诉是两个独立的法律体系。根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年）。但“不再给予行政处罚”不等于行政机关必须终止审查，而是指审查后若确认违法，可不再作出处罚决定。若审查本身具有其他目的（如确认合同效力、监督项目合规性等），则需继续完成审查程序。

2. 已过追诉期的法律后果

   • 行政处罚层面：若串通投标行为发生至今已超过行政处罚追诉期，城建局可依法认定违法行为，但不得再对当事人处以罚款、没收违法所得等行政处罚。
     
   • 其他处理措施：城建局仍可采取非处罚性措施，例如：
     
     • 责令改正违法行为（如重新招标）；
       
     • 通报批评或记录信用档案；
       
     • 依据《招标投标法》第六十五条，向有关主管部门提出司法建议（如涉及犯罪线索移送）。
       

3. 终止审查的法定情形
   行政机关终止审查需符合法定条件，例如：

   • 当事人主动纠正违法行为且未造成危害后果；
     
   • 审查发现行为不违法或证据不足；
     
   • 法律、法规明确规定的其他情形。
     “超过追诉期”本身不属于法定终止审查的理由，但若审查过程中发现其他终止情形（如证据灭失、当事人死亡等），可依法终止。

4. 实务建议

   • 对城建局：应继续完成审查程序，明确违法行为性质及后果，依法作出处理决定（如责令改正、通报等），避免因程序瑕疵引发行政复议或诉讼风险。
     
   • 对当事人：若认为城建局审查行为违法，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，主张“超过追诉期”应免于处罚，但需注意行政审查与处罚的区分。

总结：超过追诉期不影响行政审查的继续进行，但会限制处罚措施的适用。城建局需根据审查目的和法律规定，依法作出处理决定，而非直接终止审查。如有具体案件细节需进一步分析，可随时向我咨询。