挂靠公司收取保证金是否合法，需分情况讨论：
若挂靠行为本身合法，且保证金条款有明确约定且合理：
- 在某些合法合规的挂靠合作中，比如具备相应资质的企业之间，为了确保挂靠方履行合同义务，双方可能会约定收取一定数额的保证金。这种情况下，如果保证金的收取在合同中有明确约定，且数额合理，不违反法律法规的强制性规定，那么这种收取保证金的行为是合法的。它类似于一种合同担保方式，旨在保障合同的顺利履行。
若挂靠行为违法，或保证金条款存在违法情形：
- 如果挂靠行为本身违反了法律法规的强制性规定，比如不具备相应资质的企业或个人通过挂靠方式承揽工程，那么这种挂靠行为就是违法的。在此基础上，无论保证金条款如何约定，都可能因挂靠行为的违法性而受到影响，导致保证金条款无效。
- 另外，即使挂靠行为本身合法，但如果保证金条款存在违法情形，比如保证金数额过高、收取方式不合法等，也可能导致保证金条款无效。例如，如果保证金数额超过了合同总金额的一定比例（该比例需根据具体法律法规或行业规范来确定），或者收取保证金时未按照法定程序进行，都可能构成违法。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应当遵循公平、诚实信用的原则订立合同，任何一方都不得利用自己的优势地位强迫对方接受不合理的条款。同时，对于某些特定行业或领域的挂靠行为，法律法规可能有更为具体的规定和限制。
- 建议：
- 在签订挂靠合同前，务必仔细审查合同条款，特别是关于保证金的约定。确保保证金的数额、收取方式、退还条件等条款都合法合规，且符合双方的实际情况和利益需求。
- 如果对挂靠合同或保证金条款存在疑问或不确定之处，建议及时咨询专业律师或相关机构，以获取更为准确和全面的法律意见。
- 在挂靠合作过程中，双方应当保持密切沟通，及时解决可能出现的问题和纠纷。如果发生争议，应当通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
可能的法律后果：
- 如果挂靠公司收取保证金的行为违法或存在违法情形，挂靠方有权要求返还保证金，并可能要求挂靠公司承担相应的法律责任。
- 如果因挂靠行为本身违法而导致合同无效或被撤销，双方可能需要根据各自的过错程度承担相应的法律责任和损失。
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