结论前置：老板因您一次流水线上班忘打卡就扣除半年加班工资的行为，很可能不合法，您可以通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。以下从多个角度为您详细分析：
从工资扣除的合法性角度：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 在您的情况下，忘打卡通常并不直接等同于给用人单位造成了经济损失，且即便有轻微影响，老板扣除半年加班工资也远远超出了法律规定的每月扣除比例上限，因此这种扣除行为在合法性上存在严重问题。
从加班工资的性质角度：
- 加班工资是劳动者在正常工作时间之外为用人单位提供劳动所应得的报酬，是劳动者劳动成果的直接体现，受到法律的严格保护。
- 老板无权因劳动者的一次小失误（如忘打卡）就剥夺其应得的加班工资，这种做法既不合理也不合法。
从维权途径角度：
- 协商：您可以首先尝试与老板进行友好协商，说明忘打卡并非故意，且扣除半年加班工资过于苛刻，希望老板能够恢复您的加班工资或给予合理的补偿。
- 投诉：如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，反映老板的不合法扣除工资行为，请求劳动监察部门介入调查并处理。
- 劳动仲裁：若投诉后问题仍未得到解决，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
建议：在处理此类问题时，建议您保留好相关的证据，如工资条、考勤记录、与老板的沟通记录等，以便在需要时能够证明自己的权益。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。