中介公司的佣金是否双方收取以及是否合法，需分情况讨论：

1. 佣金收取对象

   • 通常情况：中介公司的佣金一般是向促成合同成立的一方收取，比如房屋买卖中，通常向买方或卖方中的一方收取，具体由中介合同约定。但也有特殊情况，即中介合同明确约定向双方收取佣金，这种约定只要不违反法律法规的强制性规定，是有效的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第九百六十三条，中介人促成合同成立的，委托人应当按照约定支付报酬。对中介人的报酬没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，根据中介人的劳务合理确定。因中介人提供订立合同的媒介服务而促成合同成立的，由该合同的当事人平均负担中介人的报酬。这里并未禁止向双方收取佣金，只是规定了报酬的确定方式和负担原则。

2. 佣金合法性

   • 合法情形：如果中介合同明确约定了向双方收取佣金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种约定是合法的，中介公司有权按照约定向双方收取佣金。
   • 非法情形：如果中介公司未经约定，擅自向双方收取佣金，或者约定的佣金比例过高，显失公平，甚至存在欺诈、胁迫等违法行为，那么这种收取佣金的行为就是非法的，双方有权拒绝支付，并可以向相关部门投诉或寻求法律救济。

3. 实际操作建议

   • 签订合同前：在签订中介合同前，双方应仔细阅读合同条款，特别是关于佣金收取的部分，确保自己清楚了解并同意佣金的收取方式和比例。
   • 合同履行中：在合同履行过程中，如果中介公司提出额外的佣金要求，双方应谨慎对待，要求中介公司出示合同依据或相关法律法规，避免被不合理收费。
   • 争议解决：如果双方对佣金收取存在争议，可以首先尝试通过协商解决；协商不成的，可以向当地房地产管理部门或消费者协会投诉；仍然无法解决的，可以向人民法院提起诉讼或申请仲裁。

举例说明：假设甲通过中介公司购买乙的房屋，中介合同约定甲和乙各向中介公司支付1%的佣金。如果合同是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定就是合法的，甲和乙都应按照约定支付佣金。但如果中介公司在合同履行过程中突然要求甲和乙各支付2%的佣金，且没有合同依据或相关法律法规支持，那么甲和乙就有权拒绝支付额外的佣金。

总结：中介公司的佣金是否双方收取以及是否合法，取决于中介合同的约定以及相关法律法规的规定。在签订中介合同时，双方应仔细阅读合同条款，确保自己清楚了解并同意佣金的收取方式和比例；在合同履行过程中，如果中介公司提出额外的佣金要求，双方应谨慎对待并寻求法律救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。