结论：甩项后甲方是否还要扣施工方的款项，这并非一个绝对的问题，而是需要根据具体情况来判断，包括合同约定、甩项原因、责任归属以及实际损失等因素。

分析角度一：合同约定

1. 合同中有明确约定：如果合同中明确规定了甩项情况下的款项支付方式或扣款条款，那么双方应严格按照合同约定执行。例如，合同可能规定，若因施工方原因导致甩项，甲方有权扣除一定比例的工程款作为违约金或赔偿。

2. 合同中无明确约定：若合同中未对甩项情况下的款项支付作出明确规定，那么双方应协商解决。协商时，应考虑甩项的原因、责任归属以及甲方因此遭受的实际损失等因素。

分析角度二：甩项原因及责任归属

1. 施工方原因：如果甩项是由于施工方的原因造成的，如施工质量不达标、工期延误等，那么甲方有权根据合同约定或实际情况要求施工方承担相应的责任，包括扣款。

2. 甲方原因：若甩项是由于甲方的原因造成的，如设计变更、资金问题等，那么甲方通常无权要求施工方承担扣款责任。相反，甲方可能需要向施工方支付因甩项而产生的额外费用或损失。

3. 不可抗力或双方无过错：在某些情况下，甩项可能是由于不可抗力或双方均无过错的原因造成的。此时，双方应协商解决款项支付问题，通常不会涉及扣款。

分析角度三：实际损失及赔偿

1. 甲方实际损失：如果甲方因甩项而遭受了实际损失，如重新招标、工期延误导致的额外费用等，那么甲方有权要求施工方承担相应的赔偿责任。赔偿金额应根据实际损失情况来确定，并可能涉及扣款。

2. 无实际损失或损失已弥补：若甲方未因甩项而遭受实际损失，或者损失已通过其他方式得到弥补（如保险赔偿），那么甲方通常无权要求施工方承担扣款责任。

建议：

• 审查合同：首先，双方应仔细审查合同条款，特别是关于甩项和款项支付的约定。
• 协商解决：在合同无明确约定或约定不明确的情况下，双方应积极协商解决款项支付问题。协商时，应充分考虑甩项的原因、责任归属以及甲方因此遭受的实际损失等因素。
• 寻求法律帮助：如果双方无法协商解决争议，可以寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等方式解决纠纷。

后续行动：如果您或您的企业面临类似问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议和解决方案。