结论：您可以只申请执行财产线索中的5万元金额，但需注意后续执行程序中的相关事项。以下从多个角度为您详细分析：
一、申请执行金额的选择
在执行程序中，您作为申请执行人，有权选择申请执行的金额。根据您提供的信息，总欠款为10万元，但目前仅掌握5万元的财产线索。在此情况下，您完全可以选择仅就这5万元的财产线索申请执行。这样的选择是合理且合法的，因为执行程序的目的就是实现债权人的债权，而债权人有权根据自身情况和掌握的财产线索来决定申请执行的金额。
二、后续执行程序中的注意事项
执行申请的提交：
- 您需要向法院提交执行申请，并明确申请执行的金额为5万元。
- 同时，您需要提供被执行人的财产线索，以便法院能够顺利执行。
执行过程中的变更：
- 如果在执行过程中，您发现了被执行人更多的财产线索，您可以向法院申请增加执行金额。
- 反之，如果被执行人已经履行了部分或全部债务，您也需要及时向法院说明情况，以便法院调整执行金额或终结执行程序。
执行终结后的处理：
- 如果执行程序终结后，您仍然未能完全实现债权（即仍有5万元未执行到位），您可以在发现被执行人有新的财产线索时，再次向法院申请恢复执行。
- 恢复执行时，您需要提供新的财产线索，并说明之前执行程序的情况。
三、法律建议
及时申请执行：
- 鉴于您已经掌握了部分财产线索，建议您尽快向法院申请执行，以免被执行人转移或隐匿财产，导致执行困难。
积极查找财产线索：
- 在执行过程中，您应积极查找被执行人的其他财产线索，以便增加执行金额或确保执行程序的顺利进行。
关注执行进展：
- 您应密切关注执行程序的进展情况，及时与法院沟通，了解执行动态，以便在必要时采取进一步的法律措施。
四、可能的法律后果
如果仅申请执行5万元：
- 法院将仅就这5万元的财产线索进行执行。
- 如果执行成功，您将实现5万元的债权；如果执行失败（如财产已被转移或隐匿），您可能需要通过其他途径（如再次申请执行、提起诉讼等）来追讨剩余债权。
如果后续发现更多财产线索：
- 您可以向法院申请增加执行金额，法院将根据新的财产线索进行执行。
- 这将有助于您更全面地实现债权，减少损失。
总结来说，您可以根据自身情况和掌握的财产线索来选择申请执行的金额。在执行过程中，您应积极查找财产线索、关注执行进展，并在必要时采取进一步的法律措施来维护自己的合法权益。如果您在执行过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。