结论：针对您提出的“土地被人修房子多次侵占，中途收了3000元，是否可以直接申请仲裁”的问题，这并非一个可以直接通过仲裁简单解决的问题，而是需要综合考虑多种法律因素和程序。以下是我从多个角度为您进行的分析：

1. 仲裁的适用范围：

   • 仲裁通常适用于合同纠纷或其他财产权益纠纷，且双方当事人需有仲裁协议。在您的情况下，如果与侵占者之间没有明确的仲裁协议，那么直接申请仲裁可能缺乏法律依据。

2. 土地侵占的法律性质：

   • 土地被他人多次侵占并修建房屋，这涉及到土地使用权的侵犯，属于物权纠纷范畴。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。但在此之前，需要明确的是，您是否拥有该土地的合法使用权或所有权，以及侵占行为是否构成违法或侵权。

3. 收取3000元的性质：

   • 您提到中途收取了3000元，这可能被视为对侵占行为的一种妥协或补偿，但并不意味着您放弃了追究侵占者法律责任的权利。然而，这3000元的收取也可能对后续的法律程序产生一定影响，比如可能被视为对部分损失的认可或和解的一部分。

4. 建议的法律程序：

   • 确认土地权属：首先，您需要确认自己对被侵占土地拥有合法的使用权或所有权。这可能需要查阅相关的土地登记资料或权属证书。
   • 收集证据：收集所有能证明土地被侵占的证据，包括照片、视频、证人证言等。
   • 协商或调解：在提起法律程序之前，可以尝试与侵占者进行协商或调解，看是否能达成和解协议。
   • 提起诉讼：如果协商或调解无果，您可以向人民法院提起诉讼，要求侵占者停止侵占、恢复原状、赔偿损失等。在诉讼过程中，您可以根据需要申请财产保全或证据保全等措施。
   • 仲裁的考虑：如果您与侵占者之间存在仲裁协议，或者双方同意通过仲裁解决纠纷，那么可以在诉讼之前或诉讼过程中考虑仲裁。但如前所述，这需要双方有明确的仲裁意愿和仲裁协议。

5. 可能的法律后果：

   • 如果法院或仲裁机构认定侵占行为成立，侵占者可能需要承担停止侵占、恢复原状、赔偿损失等法律责任。
   • 如果您在诉讼或仲裁过程中未能提供充分的证据支持自己的主张，或者存在其他不利于您的因素，那么您可能无法获得全部或部分赔偿。

进一步思考：

• 在处理此类纠纷时，建议您保持冷静和理性，不要采取过激行为或自行采取强制措施，以免引发更大的法律风险。
• 如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助和指导。作为专注于合同纠纷、房产纠纷领域的律师，我可以为您提供专业的法律咨询和代理服务。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。