核心结论：善意取得虚开发票超过五年，在税务处理上仍可能面临补税、滞纳金及罚款风险，但刑事追责风险因追诉时效问题可能降低；具体处理需结合发票类型、主观状态及税务机关认定综合判断。以下分情况详细说明：
一、税务处理：补税、滞纳金及罚款风险仍存在
- 善意取得虚开发票的税务定性
根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号），善意取得虚开发票需满足以下条件：
- 购货方与销售方存在真实交易；
- 销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票；
- 专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符；
- 购货方不知销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。
若符合上述条件，税务机关通常不会对购货方按偷税处理，但仍需补缴进项税额转出对应的税款（即不得抵扣虚开发票的进项税），并可能加收滞纳金（按日万分之五计算，自税款缴纳期限届满次日起至实际补缴日止）。
- 超过五年的处理规则
- 行政处罚时效：根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；但涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年。虚开发票属于税收违法行为，若税务机关在五年内未发现，原则上不再罚款；但若已发现并立案，即使超过五年仍可处罚。
- 补税及滞纳金无时效限制：税款追征期为三年或五年（因纳税人计算错误等非主观故意导致少缴税款的，追征期为三年；偷税、抗税、骗税的，追征期为五年），但善意取得虚开发票不属于偷税，补税及滞纳金不受追征期限制，税务机关可随时要求补缴。
二、刑事追责：超过五年追诉时效，风险显著降低
虚开发票罪的追诉标准
根据《刑法》第二百零五条之一，虚开发票罪（指虚开普通发票）的追诉时效为五年；虚开增值税专用发票罪的追诉时效为十年（情节严重）或十五年（情节特别严重）。
- 若虚开发票行为已超过五年（普通发票）或十年/十五年（增值税专用发票），且未被立案侦查，刑事追责风险基本消除。
- 但需注意：若税务机关已移送公安机关立案，或行为人存在连续虚开等情形，追诉时效可能重新计算。
善意取得的刑事免责
即使虚开发票行为未超追诉时效，若购货方符合“善意取得”条件（即无主观故意），通常不构成虚开发票罪的共犯。刑事责任主要针对虚开发票的直接实施者（如开票方或介绍人）。
三、实务建议：主动配合税务机关，降低合规风险
- 自查与整改：若发现善意取得虚开发票，应立即停止抵扣进项税，主动向税务机关说明情况，补缴税款及滞纳金，避免被认定为“恶意取得”。
- 保留证据：保存真实交易合同、付款凭证、物流单据等，证明交易真实性及善意取得的主观状态。
- 咨询专业意见：虚开发票案件涉及税务、刑事双重风险，建议根据具体情节（如发票金额、行业、税务机关态度等）制定应对方案。
总结：善意取得虚开发票超过五年，税务上仍需补税及滞纳金，但行政罚款风险可能因时效届满而消除；刑事追责风险取决于发票类型及是否已立案。建议企业加强发票管理，避免涉及虚开风险，若已发生，及时咨询律师或税务师处理。