关于乡镇城建所向农村自建房两层房屋收取两万元钱是否合法的问题，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 若收取的费用为合法行政收费：

   • 法律依据与合理性：如果乡镇城建所收取的两万元是基于合法的行政收费项目，如建房审批费、规划费或相关服务费用，并且这些费用有明确的法律依据和收费标准，同时该自建房的建设确实经过了相关审批流程，那么这种收费可能是合法的。例如，某些地区可能规定，农村自建房在办理建房手续时需要缴纳一定的规划费或审批费，这些费用通常用于补偿行政机关在审批、规划、监管等方面的成本。
   • 建议行动：在这种情况下，建议房主核实收费项目的合法性，要求乡镇城建所提供收费的法律依据和收费标准，并确认自己的自建房是否确实需要缴纳这些费用。

2. 若收取的费用为非法收费或乱收费：

   • 法律依据与非法性：如果乡镇城建所收取的两万元没有明确的法律依据，或者收费标准远高于法定标准，甚至是在没有提供任何服务或审批的情况下强行收取，那么这种收费就是非法的，可能构成乱收费行为。根据相关法律法规，行政机关不得擅自设立收费项目、提高收费标准或扩大收费范围。
   • 可能后果：非法收费不仅损害了房主的合法权益，也破坏了政府的公信力。房主有权拒绝缴纳非法费用，并向相关部门投诉或举报。
   • 建议行动：在这种情况下，建议房主首先与乡镇城建所进行沟通，要求其提供收费的合法依据和收费标准。如果沟通无果，房主可以向上一级政府部门（如县住建局）投诉或举报，甚至可以通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 特殊情况考虑：

   • 是否存在其他费用或条件：有时候，乡镇城建所可能会以其他名义收取费用，如“保证金”、“押金”等，或者要求房主满足某些特定条件（如绿化、道路修建等）才允许建房。这些情况也需要根据具体法律法规和当地政策来判断其合法性。
   • 地区差异：不同地区的法律法规和政策可能存在差异，因此收费情况也可能有所不同。房主在了解收费情况时，需要参考当地的法律法规和政策文件。

总结与建议：

• 房主在面对乡镇城建所的收费要求时，应首先核实收费项目的合法性和收费标准的合理性。
• 如果怀疑收费非法或乱收费，房主有权拒绝缴纳，并向相关部门投诉或举报。
• 在处理此类问题时，房主可以寻求法律援助或咨询专业律师，以更好地维护自己的合法权益。

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