中标公示期间有匿名异议，甲方和代理公司仍然需要处理。以下从不同角度对此问题进行分析：
法律义务角度
根据相关法律法规，中标公示期间是接受社会监督的重要环节，旨在确保招标过程的公开、公平、公正。虽然异议是匿名提出的，但甲方和代理公司仍然有义务对异议内容进行调查核实。这是因为，匿名异议可能仍然包含真实、有效的信息，如果忽视这些信息，可能会损害招标活动的公正性，甚至引发后续的法律纠纷。
实际操作角度
核实异议内容：甲方和代理公司应首先核实匿名异议中提到的具体事项，包括但不限于中标人的资格、投标文件的真实性、评标过程的公正性等。这可能需要查阅相关文件、记录，甚至与相关人员沟通。
采取相应措施：如果核实后发现异议内容属实，甲方和代理公司应根据具体情况采取相应措施，如重新评标、取消中标资格等。如果异议内容不属实或无法核实，也应记录在案，并作为后续招标活动的参考。
保持透明度：在整个处理过程中，甲方和代理公司应保持透明度，及时向所有投标人通报处理进展和结果。这有助于维护招标活动的公正性，增强投标人对招标过程的信任。
法律后果角度
如果甲方和代理公司忽视匿名异议，不进行调查核实或处理不当，可能会面临以下法律后果：
行政责任：相关监管部门可能对甲方和代理公司进行行政处罚，如警告、罚款等。
民事责任：如果因忽视匿名异议导致中标结果无效或给其他投标人造成损失，甲方和代理公司可能需要承担民事赔偿责任。
信誉损失：忽视匿名异议还可能损害甲方和代理公司的信誉，影响其未来的招标活动和业务合作。
建议
建立匿名异议处理机制：甲方和代理公司应建立一套完善的匿名异议处理机制，明确处理流程、责任人和时限等，确保匿名异议能够得到及时、有效的处理。
加强沟通与协调：在处理匿名异议过程中，甲方和代理公司应加强与投标人的沟通与协调，及时解答投标人的疑问和关切，增强投标人对招标过程的信任。
寻求专业法律支持：如果匿名异议涉及复杂的法律问题或难以处理的情况，甲方和代理公司应及时寻求专业法律支持，确保处理结果的合法性和有效性。
综上所述，中标公示期间有匿名异议时，甲方和代理公司仍然需要处理，并应采取积极、有效的措施确保招标活动的公正性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。