结论：医生开具3个月休养期，对方是否只能赔45天，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、赔偿期限的确定依据
医疗证明与鉴定结论：
- 医生开具的休养期（如3个月）是重要的医疗证明，但并非赔偿期限的唯一依据。
- 在工伤或交通事故等人身损害赔偿案件中，赔偿期限通常需结合医疗证明、鉴定结论以及相关法律法规来确定。
- 如果对方对休养期有异议，可能会申请进行司法鉴定，以确定合理的休养期限。
相关法律法规：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤职工的停工留薪期（即休养期）一般不超过12个月，具体期限由劳动能力鉴定委员会确认。
- 在交通事故等人身损害赔偿中，赔偿期限则可能依据《民法典》中关于人身损害赔偿的规定，结合受害人的实际伤情和恢复情况来确定。
二、对方只能赔45天的可能情况
保险合同或赔偿协议的限制：
- 如果对方是通过保险公司进行赔偿，且保险合同中明确规定了休养期的赔偿上限（如45天），则可能按照合同约定进行赔偿。
- 如果双方已经签订了赔偿协议，且协议中明确规定了赔偿期限为45天，则对方可能按照协议约定进行赔偿。
司法鉴定结论：
- 如果对方申请了司法鉴定，且鉴定结论认为合理的休养期为45天，则法院或仲裁机构可能会采纳该鉴定结论，并据此确定赔偿期限。
三、应对建议
收集证据：
- 保留医生开具的休养证明、病历、诊断证明等医疗文件，作为证明休养期的证据。
- 如果对方对休养期有异议，可以要求其提供相反的证据或申请进行司法鉴定。
协商与调解：
- 在证据充分的情况下，可以与对方进行协商，争取按照医生开具的休养期进行赔偿。
- 如果协商不成，可以寻求调解机构的帮助，通过调解解决纠纷。
法律途径：
- 如果调解不成，可以向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求对方按照合理的休养期进行赔偿。
- 在诉讼或仲裁过程中，可以委托专业律师进行代理，以更好地维护自己的合法权益。
四、注意事项
- 在处理此类纠纷时，务必保持冷静和理性，避免情绪化行为影响纠纷的解决。
- 及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和赔偿标准。
- 保留好所有相关证据和文件，以便在需要时提供证明。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。