结论前置：在协议一方已签字而另一方未签字的情况下，已签署方的反对意见是否有效，主要取决于协议的性质、双方的行为以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 协议性质与成立要件：

   • 一般合同：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同通常需要双方当事人意思表示一致才能成立。若协议为一般合同，且未签字方未以任何形式表示同意（如口头、行为等），则合同尚未成立，已签署方的反对意见实际上是对合同未成立的确认，而非对已成立合同的反对，因此不存在“反对意见有效”的问题。但若已签署方在签署后反悔，且合同尚未成立，其反悔行为通常不会产生法律上的违约责任。
   • 特殊合同或要式合同：某些合同可能因法律、行政法规的规定或当事人之间的约定而需要采用特定形式（如书面、公证等）才能成立。若协议属于此类合同，且未满足成立要件，则合同同样未成立，已签署方的反对意见同样是对合同未成立的确认。

2. 双方行为对合同成立的影响：

   • 已签署方的行为：若已签署方在签署后，通过行为（如履行部分合同义务）表明其愿意受合同约束，而未签署方也接受了这种履行，则可能构成对合同的追认，合同可能因此成立。此时，若已签署方再提出反对意见，则可能因合同已成立而面临违约责任的风险。
   • 未签署方的行为：若未签署方虽未签字，但通过行为（如接受已签署方的履行、参与合同相关活动等）表明其愿意受合同约束，则合同可能因双方的实际履行而成立。此时，已签署方的反对意见同样可能因合同已成立而无效。

3. 法律法规的特别规定：

   • 某些法律法规可能对特定类型的合同有特别规定，如规定合同自双方签字或盖章之日起生效，或规定合同需经特定机关批准或登记后生效等。在这些情况下，合同的成立和生效可能受到法律法规的严格限制，已签署方的反对意见是否有效需根据具体法律法规的规定来判断。

4. 实践中的处理建议：

   • 沟通协商：在协议一方已签字而另一方未签字的情况下，双方应首先进行沟通协商，明确各自的真实意愿和合同的状态。
   • 补充签署或修改：若双方均希望合同成立并生效，可协商补充签署或修改协议内容，以满足合同成立和生效的要件。
   • 寻求法律救济：若双方无法达成一致意见，且已签署方认为其权益受到侵害，可寻求法律救济，如通过诉讼或仲裁等方式解决争议。

进一步思考：在处理此类协议纠纷时，除了考虑合同成立和生效的要件外，还需关注双方的行为是否构成对合同的追认、是否存在表见代理等情形，以及法律法规的特别规定对合同成立和生效的影响。因此，在具体案件中，需结合案件事实和相关法律法规进行综合分析判断。

最后提醒：若您在处理此类协议纠纷时遇到法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。