初级食用农产品变质是否适用1000元赔偿，需分情况讨论，具体如下：

一、适用1000元赔偿的情形

根据《中华人民共和国食品安全法》第一百四十八条，当商家明知初级食用农产品已经变质仍然进行销售，且消费者因此受到损害时，消费者除要求赔偿损失外，还可以向生产者或者经营者要求支付价款十倍或者损失三倍的赔偿金。若增加赔偿的金额不足一千元的，按一千元赔偿。

计算公式：

• 若按价款十倍计算：赔偿金 = 购买价款 × 10
• 若按损失三倍计算：赔偿金 = 实际损失 × 3
• 最终赔偿金：取上述两者中的较高值，若仍不足1000元，则按1000元赔偿。

示例： 消费者购买了50元的变质肉类，若按价款十倍计算，赔偿金为50×10 = 500元，但由于不足一千元，所以商家应按照一千元进行赔偿。

二、不适用1000元赔偿的情形

1. 商家不知情： 如果商家在销售初级食用农产品时，并不知道该产品已经变质，且消费者没有证据证明商家存在明知或故意隐瞒的情况，那么消费者可能无法主张1000元的惩罚性赔偿。此时，消费者可以要求商家赔偿实际损失，如购买价款、医疗费用、误工费用等。

2. 食品标签、说明书瑕疵： 根据《中华人民共和国食品安全法》第一百四十八条的但书条款，如果食品的标签、说明书存在不影响食品安全且不会对消费者造成误导的瑕疵，那么消费者也无法主张1000元的惩罚性赔偿。

3. 消费者未受损害： 如果消费者购买了变质的初级食用农产品，但并未食用或未因此受到任何损害，那么消费者可能无法主张赔偿损失或惩罚性赔偿。不过，消费者仍可以要求商家退货或换货。

三、维权途径与建议

1. 与商家协商： 消费者在发现初级食用农产品变质后，应首先保留好相关证据，如购买凭证、变质的农产品实物或照片、视频等，然后与商家进行沟通协商，要求其按照法律规定进行赔偿。

2. 请求消费者协会调解： 如果与商家协商不成，消费者可以向当地的消费者协会投诉，请求消协介入调解。消协会根据双方提供的证据和陈述，进行调查了解，并组织双方进行调解，促使达成赔偿协议。

3. 向有关行政部门投诉： 消费者还可以向市场监督管理部门等相关行政部门投诉商家的违法行为。这些部门会依法对商家进行调查处理，并根据调查结果责令商家承担相应的赔偿责任。

4. 提起诉讼： 如果通过以上途径仍无法解决问题，消费者可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序来维护自己的合法权益。在诉讼过程中，消费者需要提供充分的证据证明初级食用农产品存在变质情况以及自己因此遭受的损失。

总结与建议：初级食用农产品变质是否适用1000元赔偿，关键在于商家是否明知产品变质以及消费者是否因此受到损害。若商家明知且消费者受损，则适用1000元赔偿；若商家不知情或消费者未受损，则可能不适用。在维权过程中，消费者应保留好相关证据，并选择合适的维权途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。