结论：员工告公司不签合同，在过了两年后是否还有效，这主要取决于员工的具体诉求以及是否超过了法律规定的诉讼时效。一般来说，未签订书面劳动合同的双倍工资差额诉求，可能因超过一年仲裁时效而无法得到支持；但确认劳动关系或要求签订无固定期限劳动合同等诉求，则可能不受此限制。
一、关于未签订书面劳动合同的双倍工资差额
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条：“用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。”
时效问题：
- 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，如果员工在入职后超过一年未与公司签订书面劳动合同，且员工在此期间内未提出异议或主张双倍工资差额，那么超过一年后，员工再主张双倍工资差额的，可能会因超过仲裁时效而无法得到支持。
特殊情况：
- 如果员工在入职后一年内曾向公司提出过签订书面劳动合同的要求，但公司拒绝签订，且员工有证据证明这一事实，那么员工在入职后两年内主张双倍工资差额的，仍有可能得到支持。但这种情况较为特殊，需要员工提供充分的证据。
二、关于确认劳动关系或要求签订无固定期限劳动合同
确认劳动关系：
- 如果员工的主要诉求是确认与公司之间存在劳动关系，那么这一诉求通常不受仲裁时效的限制。因为确认劳动关系是劳动争议案件的基础，只有先确认了劳动关系，才能进一步讨论其他劳动权益问题。
要求签订无固定期限劳动合同：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十四条：“用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。”因此，如果员工在公司工作满一年后仍未签订书面劳动合同，员工有权要求公司签订无固定期限劳动合同。这一诉求同样不受仲裁时效的限制。
三、建议与注意事项
及时主张权益：
- 员工在发现公司未与其签订书面劳动合同时，应及时向公司提出异议并主张双倍工资差额等权益。避免因超过仲裁时效而无法得到支持。
保留证据：
- 员工应保留好与公司存在劳动关系的证据，如工资条、工作证、考勤记录等。这些证据在确认劳动关系或主张其他劳动权益时非常重要。
咨询专业律师：
- 如果员工对劳动法律法规不熟悉或遇到复杂的劳动争议问题，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况为员工提供专业的法律建议和帮助。
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