农村管理乱占耕地问题的主要单位是自然资源主管部门（通常指自然资源局或自然资源与规划局）。以下从不同角度进行详细分析：

1. 法律依据与职责划分
   根据《中华人民共和国土地管理法》第六十七条，县级以上人民政府自然资源主管部门对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查。具体职责包括：

   • 监督土地利用总体规划的执行情况；
     
   • 查处非法占用耕地、改变土地用途等违法行为；
     
   • 责令违法者限期改正、恢复土地原状，并可处以罚款。
     例如，若村民未经批准在耕地上修建住宅或商业设施，自然资源主管部门有权依法制止并处罚。

2. 多部门协同管理机制
   虽然自然资源主管部门是核心管理单位，但农村土地管理涉及多部门协作：

   • 农业农村部门：负责农村宅基地改革和管理，指导闲置宅基地和闲置农房利用。若乱占耕地涉及宅基地分配或使用，农业农村部门需参与监管。
     
   • 乡镇人民政府：根据《土地管理法》第七十八条，农村村民未经批准非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。乡镇政府在基层执法中常承担具体执行职责。
     
   • 综合执法部门：部分地区已成立综合行政执法局，整合自然资源、农业农村等部门职能，统一行使土地违法案件的行政处罚权。

3. 违法行为的认定与处理流程

   • 发现与举报：村民可通过12345政务服务热线、自然资源部违法举报平台或直接向乡镇政府、自然资源所反映问题。
     
   • 立案调查：自然资源主管部门接到举报后，需在5个工作日内决定是否立案，并通过现场勘测、询问当事人等方式收集证据。
     
   • 处罚决定：若认定违法，将下达《责令停止违法行为通知书》或《行政处罚决定书》，要求限期整改并罚款。例如，非法占用耕地建房的，罚款标准为每平方米100元至1000元。
     
   • 强制执行：若当事人拒不履行处罚决定，自然资源主管部门可申请法院强制执行。

4. 特殊情形处理

   • 设施农用地：若占用耕地用于农业设施（如温室大棚、畜禽养殖场），需符合《自然资源部 农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》要求，否则仍属违法。
     
   • 历史遗留问题：对1987年《土地管理法》实施前非法占用耕地的行为，若已形成实际使用现状且符合规划，可按现行政策补办手续；否则需逐步退出。

建议：若您发现乱占耕地行为，可优先向当地自然资源局或乡镇政府反映，并保留现场照片、视频等证据。若涉及复杂法律问题（如土地权属争议、处罚程序违法等），可进一步向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。