标书被提出无效质疑时，应按以下步骤处理，核心在于及时响应、全面审查、针对性回应，避免丧失投标资格或承担法律责任：具体处理方式如下：

1. 立即确认质疑的合法性与依据
   首先需核实质疑方（如招标人、其他投标人或监管部门）提出的“无效理由”是否符合招标文件、法律法规（如《招标投标法》《政府采购法》）的明确规定。例如：

   • 是否因标书未响应招标文件中的实质性条款（如技术参数、资质要求、投标保证金等）被质疑？
     
   • 是否因形式瑕疵（如未盖章、签字不全、装订错误等）被质疑？
     
   • 是否涉及串标、围标等违法行为（如报价异常一致、文件雷同等）？
     若质疑理由不成立（如对方误解条款、证据不足），可直接通过书面或法定程序反驳；若质疑成立，需立即评估风险并制定补救方案。

2. 全面审查标书内容与程序合规性
   从实体和程序两方面自查标书：

   • 实体内容：核对招标文件中的“实质性要求”（通常以“★”“必须”等标注），确认标书是否完全响应。例如，若招标要求“提供3年同类项目经验”，但标书中仅列明2年，则可能被认定为无效。
     
   • 程序合规：检查投标截止时间、密封要求、授权委托书、投标保证金缴纳等流程是否符合规定。例如，若标书未在截止时间前送达，即使内容合格也可能被拒收。
     若发现瑕疵：需区分“可补正瑕疵”和“无效情形”。根据《招标投标法实施条例》，未密封、未签字等轻微瑕疵，若不影响公平性，招标人可允许补正；但实质性不响应则无法补救。

3. 针对性回应质疑并提交书面说明
   根据质疑类型采取不同策略：

   • 若质疑不成立：在法定期限内（通常为收到质疑后3日内）提交书面说明，附证据（如招标文件条款、标书原文、相关法规），要求招标人维持标书有效性。
     
   • 若质疑成立但可补救：立即按招标人要求补正材料（如补签文件、补充证明），并说明补正不影响投标实质性内容。
     
   • 若质疑成立且无法补救：评估是否放弃投标或提出异议。若认为质疑程序违法（如未在规定时间内提出），可向监管部门投诉。

4. 利用异议与投诉程序维护权益
   若对招标人处理结果不满，可依法提出异议或投诉：

   • 异议：向招标人提出，适用于对开标、评标结果有疑问的情形（如质疑处理不公）。
     
   • 投诉：向财政部门（政府采购项目）或行政监督部门（工程建设项目）提出，需在知道权益受损后10日内提交书面材料，附异议处理结果、证据等。
     注意：投诉需在法定期限内提出，逾期可能丧失权利。

5. 预防未来风险：完善标书制作与审核流程
   为避免重复问题，建议：

   • 建立标书审核清单，逐项核对实质性条款和形式要求；
     
   • 对复杂项目，提前咨询法律或招标代理机构；
     
   • 保留标书制作、修改、审核的书面记录，作为争议时的证据。

总结：标书被质疑无效时，核心是“快速反应、精准应对”。先核实质疑合法性，再自查标书问题，根据情况补正、反驳或投诉，同时完善内部流程以降低风险。若涉及复杂法律问题（如串标认定、程序违法），可进一步向我咨询具体操作细节。