拆迁时已交的家庭协议书，并不因为存在争议就自动无效。协议的有效性取决于多个因素，下面我将从不同角度为您详细分析：

1. 协议双方民事行为能力：

   • 拆迁人和被拆迁人作为协议的双方，必须具备相应的民事行为能力。这意味着他们应当能够理解协议的内容，并有能力承担协议所规定的权利和义务。如果一方或双方缺乏民事行为能力，那么协议可能因主体不适格而无效。

2. 协议内容的真实性：

   • 协议必须是双方真实意思的表示，不能存在欺诈、胁迫等违法情形。如果家庭协议书是在一方被欺诈或胁迫的情况下签订的，那么该协议可能因缺乏真实性而被认定为无效。但仅仅因为存在争议，并不直接导致协议无效，争议需要通过合法途径解决，如协商、调解或诉讼等。

3. 协议的合法性：

   • 协议内容不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得损害社会公共利益。如果家庭协议书中的条款违反了法律或行政法规的强制性规定，或者损害了社会公共利益，那么该协议可能因违法而无效。但争议本身并不构成违法的理由，除非争议的内容直接涉及违法事项。

4. 协议的形式要求：

   • 通常情况下，拆迁协议应采用书面形式，并经过双方签字盖章等必要程序。如果家庭协议书没有满足这些形式要求，可能会影响其法律效力。但形式上的瑕疵并不直接导致协议无效，除非法律明确规定某种形式为协议生效的要件。

5. 房屋纠纷对协议的影响：

   • 如果房屋本身存在纠纷，如产权不明、继承争议等，这些问题确实可能对拆迁协议的有效性产生潜在影响。但关键在于，这些纠纷是否直接影响了协议的签订和履行。如果纠纷导致协议无法履行或履行存在重大障碍，那么协议可能因无法实现合同目的而被解除或变更。但这并不意味着协议本身无效，而是需要根据具体情况进行判断和处理。

法律建议：

• 如果您对家庭协议书的有效性存在争议，建议首先通过协商或调解的方式解决争议。这可以节省时间和成本，并有助于维护家庭关系的和谐。
• 如果协商或调解无果，您可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。在此过程中，您需要提供充分的证据来证明协议的有效性或无效性。
• 为了避免类似争议的发生，建议在签订拆迁协议前，先解决房屋本身的纠纷，并确保协议内容真实、合法、形式规范。

如果您在拆迁协议或家庭协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。