拆迁协议超过诉讼时效，拆迁方提出抗辩，并不意味着协议就完全失去了法律效力或无法再通过法律途径维护权益，但确实会面临一定的法律障碍。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、诉讼时效的基本规定

1. 行政诉讼时效：若拆迁协议被认定为行政协议，根据《行政诉讼法》及相关司法解释，直接起诉的时效一般为自知道或应当知道行政行为之日起六个月内。对于因不动产提起的诉讼，自行政行为作出之日起超过二十年，或者其他案件超过五年提起诉讼的，法院将不予受理。

2. 民事诉讼时效：若拆迁协议被视为民事合同，则适用《民法典》关于诉讼时效的规定。一般诉讼时效期间为三年，自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。自权利受到损害之日起超过二十年的，法院不予保护，但有特殊情况的，法院可根据权利人申请决定延长。

二、超过诉讼时效的法律后果

1. 抗辩权产生：一旦超过诉讼时效，拆迁方有权提出抗辩，主张法院不再保护被拆迁方的权利。此时，被拆迁方将面临败诉的风险。

2. 实体权利未消灭：尽管诉讼时效已过，但被拆迁方的实体权利并未因此消灭。这意味着，如果拆迁方自愿履行义务，被拆迁方仍有权接受。

三、应对策略与建议

1. 分析超时效原因：

   • 仔细梳理导致超过诉讼时效的具体原因，如是否存在不可抗力、当事人被限制人身自由、不知晓权益被侵害等特殊情况。
   • 研究诉讼时效中断、中止的情形。若能在时效期间内向拆迁方主张过权利（如书面函件、电子邮件等），则诉讼时效可能从该中断时起重新计算。同时，若存在不可抗力等法定事由导致权利人无法行使请求权，诉讼时效可能会中止，待事由消除后继续计算。

2. 积极寻求解决方案：

   • 与对方协商解决：尽管诉讼时效已过，但可主动与拆迁方沟通协商，说明情况，争取通过协商方式解决纠纷，如要求合理补偿。协商过程中应保留好相关证据。
   • 寻求政府及第三方调解：可向拆迁管理部门、信访部门等政府部门反映情况，请求他们从中调解或督促解决问题。同时，也可考虑寻求人民调解委员会等第三方调解机构的帮助，以期达成双方都能接受的解决方案。
   • 向法院提起诉讼并说明原因：虽然超过诉讼时效，但仍可尝试向法院提起诉讼，并详细说明错过时效的具体原因，如未及时了解到相关政策等，看法院是否能接受并给予特殊考虑。在诉讼过程中，可以积极举证证明存在诉讼时效中断、中止的情形，或者主张拆迁方未履行告知义务等，以争取法院的支持。

3. 法律程序与证据收集：

   • 在提起诉讼或申请调解前，务必收集并整理好所有相关证据，包括拆迁协议、沟通记录、政府文件等，以证明自己的权益和拆迁方的义务。
   • 遵循法律程序，确保所有法律文书的提交和诉讼行为的进行都符合法律规定，避免因程序瑕疵而影响案件结果。

总结与提醒：拆迁协议超过诉讼时效确实会面临一定的法律障碍，但并不意味着完全无法维护权益。通过分析超时效原因、积极寻求解决方案、遵循法律程序并收集好相关证据，仍有可能有效维护自身的合法权益。如果你在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。