拆迁补偿安置协议二十年后有争议并认为无效的，处理方式需根据具体情况来确定，以下分情况讨论：
协议本身存在无效情形：
- 无效情形概述：如果拆迁补偿安置协议本身存在法律规定的无效情形，如一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；以合法形式掩盖非法目的；损害社会公共利益；违反法律、行政法规的强制性规定等，那么该协议自始无效。
- 处理方式：在这种情况下，无论经过多少年，只要能够证明协议存在上述无效情形，当事人都可以向法院提起诉讼，请求确认协议无效。法院在审理后，如果确认协议确实存在无效情形，将会判决协议无效，并可能根据具体情况对双方的权利义务进行重新调整。
协议本身有效，但存在履行争议：
- 履行争议概述：如果拆迁补偿安置协议本身是有效的，但双方在履行过程中产生了争议，如一方未按照协议约定履行义务等，这并不直接导致协议无效。
- 处理方式：
- 协商：双方可以首先尝试通过协商的方式解决争议，达成新的协议或者对原协议进行补充、修改。
- 诉讼或仲裁：如果协商不成，当事人可以向法院提起诉讼或者根据协议中的仲裁条款向仲裁机构申请仲裁，请求法院或仲裁机构对争议进行裁决。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将会根据协议的约定、相关法律法规以及公平、诚实信用等原则，对争议进行审理并作出裁决。
超过诉讼时效的问题：
- 诉讼时效概述：需要注意的是，如果当事人想要通过诉讼或仲裁的方式解决争议，还需要考虑诉讼时效的问题。一般来说，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
- 对本案的影响：在拆迁补偿安置协议争议中，如果距离协议签订已经超过了二十年，且在这二十年内权利人没有知道或者应当知道权利受到损害，那么可能面临超过诉讼时效的风险。然而，如果在这二十年内权利人一直不知道或者不应当知道权利受到损害，或者存在其他特殊情况（如权利人一直向义务人主张权利、义务人同意履行义务等），那么诉讼时效可能会中断或延长。
- 处理方式：因此，在面临超过诉讼时效的风险时，当事人应当尽快咨询专业律师，评估诉讼时效是否已经届满以及是否存在中断或延长的情形。如果诉讼时效尚未届满或者存在中断、延长的情形，当事人仍然可以向法院提起诉讼或者向仲裁机构申请仲裁；如果诉讼时效已经届满且不存在中断、延长的情形，那么当事人可能需要考虑通过其他方式（如协商、调解等）解决争议。
针对您的情况，建议如下：
- 首先，仔细审查拆迁补偿安置协议的内容，确定协议是否存在无效情形或者履行争议。
- 其次，如果认为协议存在无效情形或者履行争议，且诉讼时效尚未届满或者存在中断、延长的情形，尽快向法院提起诉讼或者向仲裁机构申请仲裁。
- 最后，在诉讼或仲裁过程中，积极提供证据证明自己的主张，并遵循法院或仲裁机构的裁决结果。
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