公司只发基本工资是否合法，需根据具体情况进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中明确规定了，在某些特定情形下（如业绩不达标、企业经营困难等），公司可以只发放基本工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。例如，合同中可能写明：“若员工连续两个季度未完成业绩指标，公司有权调整其薪资结构，仅发放基本工资。”这种情况下，公司只发基本工资就是有合同依据的。
- 劳动合同中的约定应清晰、明确，且双方应充分理解并同意这些条款，避免模糊不清或存在歧义。
规章制度合法有效且员工知晓：
- 公司有经民主程序制定并向员工公示的合法有效的规章制度，其中规定了在特定条件下可以只发基本工资。比如，公司规章制度中可能规定：“在遭遇不可抗力因素导致经营严重困难时，公司可临时调整薪资发放标准，仅支付基本工资。”
- 规章制度的制定程序必须合法，且员工应知晓并接受这些制度。如果员工对规章制度不知情或未表示接受，那么公司依据该制度只发基本工资可能就不合法。
特殊情况下的协商与同意：
- 在遇到不可抗力因素（如自然灾害、政府行政命令等）或公司确实面临严重经营困难时，如果公司与工会或职工代表大会协商一致，并向员工说明情况，只发基本工资通常是被允许的。例如，公司因疫情导致订单大幅减少，资金链紧张，与工会协商后决定暂时只发基本工资，以共渡难关。
- 这种协商应基于公平、透明和自愿的原则，并确保员工的合法权益得到保障。公司不能利用特殊情况强迫员工接受不合理的薪资调整。
不合法情况
无故降低工资：
- 没有任何合同约定或法定理由，公司单方面决定只发基本工资，降低员工的工资待遇，这是不合法的。比如，公司突然通知员工，从下个月开始只发基本工资，没有给出任何理由或依据，这种行为擅自变更了劳动合同的重要内容，严重损害了员工的权益。
- 这种行为可能构成违法变更劳动合同，员工有权要求公司按照原合同约定支付足额工资。
绩效考核不合理：
- 虽然公司声称因绩效考核不达标而只发基本工资，但绩效考核标准不明确、不合理，或者考核过程不公正、不透明，缺乏充分的事实依据来证明员工未达到绩效要求，这种做法也是违法的。例如，公司的绩效考核标准模糊不清，员工不知道如何才算达标，或者考核过程中存在主观偏见，导致员工被不公正地判定为不达标。
- 绩效考核应基于公平、公正和透明的原则进行，并确保员工有申诉和反馈的权利。如果员工对绩效考核结果有异议，公司应提供合理的解释和证据。
低于最低工资标准：
- 即便劳动合同中只约定了基本工资，用人单位在实际支付过程中也需确保基本工资不低于当地的最低工资标准。如果基本工资低于这一标准，同样是不合法的。例如，某地最低工资标准为每月2000元，而公司只发1500元基本工资，这就违反了最低工资标准的规定。
- 最低工资标准是保障劳动者基本生活需要的底线，公司必须遵守。
劳动者权益保护建议
协商与投诉：
- 面对公司只发基本工资的不合法行为，劳动者首先应与公司进行协商解决，要求其按照劳动合同约定支付足额工资。在协商过程中，劳动者可以明确表达自己的诉求和理由，并保留好相关证据。
- 协商不成时，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，寻求政府的帮助和支持。劳动监察部门有权对公司进行调查和处罚，以维护劳动者的合法权益。
劳动仲裁与诉讼：
- 如果协商和投诉均无法解决问题，劳动者可以选择提起劳动仲裁或诉讼来维护自身的合法权益。劳动仲裁是一种相对快速、简便的解决劳动争议的方式，而诉讼则具有更强的法律效力和执行力。
- 在此过程中，劳动者应保留好相关证据（如劳动合同、工资条、考勤记录、绩效考核表等），以便在仲裁或诉讼中提供有力的支持。这些证据是证明公司违法行为和劳动者权益受损的关键。
总之，公司只发基本工资的合法性取决于多种因素的综合考量。劳动者在面对此类问题时，应了解自己的权益并采取适当的措施进行维权。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。