结论：协商离职但补偿金为0是否会被查，这主要取决于具体情况和当地的劳动监察力度，但从法律角度讲，若补偿金为0的约定违反了法律法规的强制性规定，那么该约定是无效的，且可能面临劳动监察部门的调查。
分析说明：
法律法规的强制性规定：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在解除或终止劳动合同时，应当依法支付经济补偿金（除非存在法定无需支付的情形，如劳动者主动提出离职且用人单位无过错等）。
- 如果双方协商离职时约定的补偿金为0，但这一约定违反了法律法规的强制性规定（即用人单位本应支付经济补偿金却未支付），那么该约定是无效的。
劳动监察部门的调查：
- 劳动监察部门负责监督用人单位遵守劳动法律法规的情况，包括经济补偿金的支付。
- 如果劳动者向劳动监察部门投诉或举报用人单位未依法支付经济补偿金，劳动监察部门有权进行调查，并根据调查结果采取相应的法律措施。
实际情况的考量：
- 在实践中，是否会被查也取决于多种因素，如当地的劳动监察力度、劳动者的维权意识、用人单位的合规情况等。
- 如果用人单位一直合规经营，且劳动者对补偿金为0的约定无异议，那么可能不会被劳动监察部门主动调查。
- 但如果劳动者事后反悔或发现用人单位存在其他违法行为，那么可能会引发劳动监察部门的调查。
法律建议：
对于劳动者：
- 在协商离职时，应仔细阅读并理解离职协议中的各项条款，特别是关于经济补偿金的约定。
- 如果认为补偿金为0的约定不合法或不合理，可以拒绝签署或要求用人单位进行修改。
- 如果已经签署了补偿金为0的离职协议，但事后发现用人单位存在违法行为或认为自己的权益受到了侵害，可以向劳动监察部门投诉或举报。
对于用人单位：
- 在协商离职时，应确保离职协议中的各项条款符合法律法规的强制性规定，特别是关于经济补偿金的支付。
- 如果确实存在无需支付经济补偿金的情形（如劳动者主动提出离职且用人单位无过错等），应在离职协议中明确说明理由和依据。
- 应加强合规管理，避免因为违法行为而引发劳动监察部门的调查和处罚。
后续行动建议：
- 如果你作为劳动者或用人单位，在协商离职过程中遇到补偿金为0的约定问题，且对此存在疑虑或争议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。