没有公司注册而承包农村自建房工程，这种行为通常是不受法律全面保护的，且可能涉及违法风险。以下从几个角度进行详细分析：

1. 合同效力问题：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，合同双方应当具备相应的民事行为能力，且合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。未注册的公司，即不具备法人资格，其签订的合同可能因主体不适格而被认定为无效合同。这意味着，一旦发生纠纷，合同中的条款可能无法得到法律的有效保障。

2. 建筑资质要求：

   • 承包建筑工程，尤其是涉及公共安全或较大规模的工程，通常需要具备相应的建筑资质。农村自建房虽然规模可能较小，但如果涉及多层建筑或特定结构，仍可能需要一定的建筑资质。未注册的公司往往无法获得这些资质，因此其承包行为可能违反建筑法规，导致工程被叫停或面临罚款等处罚。

3. 法律责任承担：

   • 未注册的公司无法以公司名义承担法律责任，一旦工程出现质量问题或发生安全事故，责任将直接落到实际承包人或施工者个人身上。这不仅可能给个人带来巨大的经济负担，还可能影响其个人信用和声誉。

4. 消费者权益保护：

   • 对于房主而言，选择未注册的公司进行自建房工程，可能面临工程质量无保障、售后服务无着落等问题。一旦发生纠纷，房主可能难以通过法律途径维护自己的合法权益。

建议：

• 对于承包方而言，应当依法注册公司，并取得相应的建筑资质，以确保合同的合法性和有效性，降低法律风险。
• 对于房主而言，在选择承包方时，应当仔细审查其资质和信誉，选择有合法资质和良好口碑的公司进行合作，以保障自己的权益。

如果您在建设工程领域遇到任何法律问题，或者对农村自建房工程的法律风险有进一步的疑问，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。