结论：公司章程可以约定部门经理为法定代表人，但需满足一定条件，并依法进行登记。
详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》第十三条的规定，公司法定代表人可以由董事长、执行董事或者经理担任，且这一选择需依照公司章程的规定来确定，并依法进行登记。这意味着，从法律层面讲，经理（包括部门经理，如果其被公司赋予经理的职权和地位）是有资格担任公司法定代表人的，只要公司章程中有明确规定。
公司章程的约定：
- 公司章程是公司内部治理的基本法律文件，它规定了公司的组织结构、职权分配等重要事项。因此，如果公司希望由部门经理担任法定代表人，必须在公司章程中明确规定这一点。这样的规定不仅符合公司法的精神，也是公司内部治理自主性的体现。
依法登记的必要性：
- 除了公司章程的规定外，公司法定代表人的变更还需要依法办理变更登记手续。这意味着，即使公司章程中规定了部门经理可以担任法定代表人，也必须在完成相关登记手续后，部门经理才能正式履行法定代表人的职责。这一步骤是确保公司法定代表人变更合法性和有效性的重要环节。
部门经理担任法定代表人的资格要求：
- 部门经理要担任公司法定代表人，除了需要公司章程的规定和依法登记外，还需要满足一些基本的资格要求。例如，部门经理必须具有完全民事行为能力，不存在因贪污、贿赂、侵占财产、挪用财产或者破坏社会主义市场经济秩序被判处刑罚且执行期满未逾五年等法律上的限制情形。
法律建议：
- 如果公司希望由部门经理担任法定代表人，首先应确保公司章程中有明确的规定，并符合公司法的相关要求。
- 其次，应依法办理法定代表人的变更登记手续，确保变更的合法性和有效性。
- 最后，应确保部门经理本人符合担任法定代表人的资格要求，不存在任何法律上的限制情形。
可能法律后果：
- 如果公司未在公司章程中明确规定部门经理为法定代表人，或者未依法办理变更登记手续，那么部门经理可能无法合法地担任公司法定代表人，其以法定代表人身份进行的法律行为可能面临无效或被撤销的风险。
- 如果部门经理本人存在法律上的限制情形而担任了公司法定代表人，那么公司可能因此面临法律风险和责任。
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