长期病假本身并不能直接成为免去部门经理职务的合法理由，是否免职需依据具体情况和相关法律规定来判断。以下从不同角度为你详细分析：
从劳动合同和公司规章制度角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了员工在长期病假期间，公司有权调整其职务或者免去其职务，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能依据合同约定进行免职操作。但这种情况较为少见，因为劳动合同通常更侧重于保护员工的权益，对公司的免职权会有较为严格的限制。
- 例如，合同中可能约定“员工因长期病假无法履行部门经理职责超过一定期限（如6个月），公司有权调整其职务至适合其身体状况的岗位”。若符合此约定，公司可按约调整。
公司规章制度：
- 公司规章制度中如果对员工长期病假期间的职务调整有明确规定，并且这些规定经过了民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），且已向员工公示或告知，那么公司可以依据规章制度进行免职。但同样，规章制度中的免职条款必须合法合理，不能侵犯员工的合法权益。
- 比如，规章制度规定“员工连续病假超过3个月，经评估无法继续担任原职务的，公司可调整其岗位”。若符合流程且评估合理，公司可据此调整。
从劳动能力和医疗期角度
医疗期规定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，公司不得随意解除劳动合同，也不得随意调整员工的职务（除非符合上述劳动合同或规章制度的约定）。
- 例如，员工在本单位工作年限较长，享有较长的医疗期，在医疗期内，公司一般不能仅因其长期病假就免去其部门经理职务。
劳动能力鉴定：
- 如果员工长期病假后，经劳动能力鉴定委员会鉴定为完全丧失劳动能力或大部分丧失劳动能力，且无法胜任原部门经理工作，公司可以考虑调整其职务或安排其他适合的岗位。但调整前应与员工协商一致，并确保调整后的岗位与员工的劳动能力相匹配。
- 若鉴定结果显示员工虽患病但仍有部分劳动能力，且能胜任原工作或经调整后能胜任其他工作，公司则不能随意免职。
从合法合理性和程序正当性角度
合法合理性：
- 公司免去部门经理职务的决定必须合法合理，不能存在歧视、报复等不当目的。如果公司仅因员工长期病假就免去其职务，而没有其他合理的业务或组织调整需要，这种免职决定可能被认定为违法。
- 例如，公司不能因为部门经理患病就认为其会影响部门业绩，从而随意免职，而应考虑通过其他方式（如临时指派代理人）来保障部门正常运转。
程序正当性：
- 即使公司有合法的免职理由，也必须遵循正当的程序。这通常包括与员工进行充分的沟通、听取员工的意见、进行必要的调查和评估等。如果公司未履行这些程序就直接免职，可能构成违法解除或违法调整职务。
- 比如，公司在免职前应与员工进行面谈，说明免职的原因和依据，并听取员工的陈述和申辩。
建议：
- 如果你作为员工面临长期病假后被免职的情况，首先应查看劳动合同和公司规章制度中关于职务调整的规定，评估公司的免职决定是否合法合理。
- 如果认为公司的免职决定违法或不合理，可以与公司进行协商，要求恢复原职务或给予合理的补偿。
- 如果协商无果，可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
- 如果你作为公司方，在考虑免去长期病假员工的部门经理职务时，应确保免职决定合法合理，并遵循正当的程序，以避免法律风险。
有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，为你提供更详细的法律建议。