结论：合同主体签的是个人但开票开公司，这种行为是否合法需分情况讨论，一般来说，若合同主体与开票主体不一致，可能涉及虚开发票等违法行为，但若存在合法理由且符合相关规定，则可能合法。

详细分析：

1. 合同主体与开票主体不一致的一般情况：

   • 在大多数情况下，合同主体（即签订合同的个人或公司）应当与开票主体（即开具发票的个人或公司）保持一致。如果合同主体是个人，但开票时却以公司名义开具，这种不一致性可能引发税务、法律等多方面的问题。
   • 特别是当这种不一致性没有合法理由或未经相关部门批准时，很可能被视为虚开发票的行为。虚开发票是违法的，可能面临税务处罚、法律诉讼等严重后果。

2. 可能合法的特殊情况：

   • 存在合法代理关系：如果个人作为公司的合法代理人签订合同，并在合同中明确约定了开票事宜由公司负责，且这种代理关系得到了相关部门的认可或备案，那么在这种情况下，合同主体是个人但开票开公司可能是合法的。
   • 特定业务场景下的合规操作：在某些特定业务场景下，如个人承包工程后转包给公司施工，且合同中明确约定了开票事宜由公司负责，同时这种操作符合相关行业规定和税务要求，那么也可能被视为合法。但这种情况较为复杂，需要具体分析相关合同条款、行业规定和税务要求。

3. 法律后果与风险提示：

   • 如果合同主体与开票主体不一致且没有合法理由，可能面临税务部门的调查和处罚，包括罚款、滞纳金等。
   • 在严重情况下，还可能涉及刑事犯罪，如虚开发票罪等，将面临刑事处罚。
   • 此外，这种不一致性还可能影响合同的效力和履行，给双方带来不必要的法律风险和纠纷。

建议：

• 在签订合同时，应明确约定合同主体与开票主体的一致性，避免出现不必要的法律风险和纠纷。
• 如果确实存在需要合同主体与开票主体不一致的情况，应咨询专业律师或税务顾问的意见，确保操作合法合规。
• 在日常经营活动中，应严格遵守相关法律法规和税务要求，避免虚开发票等违法行为的发生。

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