公司代替个人开票是否合法需分情况讨论，具体如下：

1. 若个人与公司存在真实交易，且公司代开发票符合税务规定
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。若个人与公司存在真实交易，但因个人不具备开票资格（如未办理税务登记），公司可基于真实交易代为开具发票，但需满足以下条件：

   • 公司需与个人签订书面协议，明确代开发票的合法性及双方权利义务；
     
   • 公司需将代开发票的收入纳入自身税务申报，依法缴纳增值税及附加税费；
     
   • 个人需向公司提供真实、完整的交易信息（如合同、付款凭证等），确保发票内容与实际交易一致。
     若满足上述条件，公司代开发票行为合法，但需注意税务合规风险，避免被认定为“虚开发票”。

2. 若个人与公司不存在真实交易，或公司代开发票违反税务规定
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，任何单位和个人不得为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，不得让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票。若公司代开发票的行为属于以下情形，则构成违法：

   • 无真实交易：个人与公司无实际业务往来，公司虚构交易代开发票；
     
   • “挂靠”代开：个人以公司名义从事经营活动，但未通过公司账户收款，公司代开发票但未将收入纳入税务申报；
     
   • “买票”行为：个人向公司支付“开票费”，公司为其开具与实际交易不符的发票。
     上述行为可能被认定为“虚开发票”，根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，可能面临刑事处罚（如有期徒刑、罚金）；即使不构成犯罪，也可能根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条，由税务机关没收违法所得，并处以罚款（最高可达50万元）。

实务建议：

• 若个人需开票，建议优先通过税务机关代开发票（如个人到税务局申请代开增值税普通发票），避免公司代开引发的税务风险；
  
• 若公司需代个人开票，务必确保交易真实、资料完整，并依法纳税申报；
  
• 若发现公司或个人存在虚开发票行为，应立即停止并纠正，必要时向税务机关自首以减轻处罚。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询。