办理教师违规缺勤案件的时间限制主要取决于案件的性质以及适用的法律程序，一般来说，会涉及劳动仲裁时效和诉讼时效两个方面。以下是对这两个方面的详细解释：
劳动仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。这意味着，如果教师违规缺勤的行为引发了劳动争议，比如学校因此解除与教师的劳动合同，而教师对此有异议，那么教师需要在知道或应当知道其权益被侵害之日起一年内，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 特殊情况：如果劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议，劳动者申请仲裁不受上述一年仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。不过，这一特殊规定主要针对劳动报酬争议，对于教师违规缺勤这类案件，通常不直接适用，但可作为参考了解时效制度的一般原则。
诉讼时效：
- 如果劳动争议仲裁委员会作出了裁决，而任何一方对裁决结果不服，都可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。这是针对仲裁裁决的诉讼时效。
- 如果教师违规缺勤案件没有经过劳动仲裁程序，而是直接进入了诉讼程序（这通常不是常规做法，因为劳动争议一般需要先经过仲裁），那么诉讼时效将依据《中华人民共和国民法典》中关于诉讼时效的规定，一般为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但在教师违规缺勤这类具体案件中，更可能的是先经过劳动仲裁，再视情况提起诉讼。
额外建议：
- 对于学校而言，在处理教师违规缺勤案件时，应及时收集证据，明确违规事实，并按照学校规章制度和法律法规的规定进行处理。同时，要注意处理程序的合法性和公正性，以避免引发不必要的劳动争议。
- 对于教师而言，如果对学校的处理决定有异议，应及时了解自己的权益和救济途径，并在规定的时效内采取行动。如果错过了时效，可能会丧失寻求法律救济的机会。
总结：办理教师违规缺勤案件的时间限制主要取决于案件是否经过劳动仲裁以及后续是否提起诉讼。一般来说，劳动仲裁的时效为一年，而针对仲裁裁决的诉讼时效为十五日（若直接诉讼则一般为三年，但劳动争议多先仲裁）。因此，在处理这类案件时，各方都应密切关注时效问题，以确保自己的权益得到及时有效的维护。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。