侵占他人耕地的问题，主要由当地的自然资源部门（原国土资源部门）负责管理。以下是从不同角度的详细分析：

1. 部门职责角度：

   • 自然资源部门是负责土地资源管理和监督的主要政府部门，包括耕地的保护、规划、利用和监管等。当发生侵占耕地的情况时，自然资源部门有权进行调查、处理，并可以采取相应的行政措施，如责令停止侵占、恢复原状、罚款等。

2. 法律程序角度：

   • 如果侵占耕地的行为构成了违法，比如未经批准擅自占用耕地进行建设，那么自然资源部门在调查核实后，会依法进行处罚，并可能将案件移送至公安机关进行刑事立案侦查（如果行为构成犯罪的话）。
   • 在某些情况下，如果侵占耕地的行为涉及到了土地权属的争议，那么可能还需要通过土地行政主管部门进行确权处理，或者通过司法途径解决争议。

3. 实际操作角度：

   • 当你发现有人侵占你的耕地时，首先可以尝试与侵占者进行协商，看是否能够达成和解，恢复耕地的原状。
   • 如果协商无果，你可以向当地的自然资源部门举报，提供相关的证据和线索，如照片、视频、证人证言等，以便自然资源部门进行调查和处理。
   • 在举报时，你可以要求自然资源部门出具受理回执，并跟进处理进度，确保你的权益得到保障。

4. 法律后果角度：

   • 侵占耕地是违法的行为，可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
   • 如果行为严重，构成了犯罪，那么还可能面临刑事处罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。

建议：

• 在处理侵占耕地的问题时，务必保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。
• 保留好相关的证据和线索，以便在需要时提供给相关部门进行调查和处理。
• 如果对处理结果不满意，或者认为自己的权益没有得到充分保障，可以考虑通过法律途径进行维权，比如提起行政诉讼或者民事诉讼等。

如果你在处理侵占耕地的问题时遇到任何困难或者疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。