员工将公司财产据为己有，属于违法行为，公司应依法处理，具体处理方式需根据情节严重程度及财产价值来决定。以下从不同角度进行分析：
一、从公司内部管理角度
调查核实：公司应首先进行内部调查，核实员工是否确实存在将公司财产据为己有的行为，以及该行为的性质、情节和造成的损失等。这可以通过查阅相关账目、监控录像、询问相关人员等方式进行。
依据规章制度处理：如果公司有明确的规章制度，且该制度中规定了员工不得将公司财产据为己有，以及相应的处罚措施，那么公司可以依据这些规章制度对员工进行处理。处理方式可能包括警告、罚款、解除劳动合同等。
追回损失：公司有权要求员工返还其据为己有的公司财产，并赔偿因此给公司造成的损失。如果员工拒绝返还或赔偿，公司可以通过法律途径来维护自己的权益。
二、从法律角度
民事责任：员工将公司财产据为己有，侵犯了公司的财产权，公司有权要求员工承担民事责任，包括返还财产和赔偿损失。如果员工的行为给公司造成了其他损失，如商业信誉的损害等，公司也可以要求员工进行相应的赔偿。
刑事责任：如果员工将公司财产据为己有的行为情节严重，数额较大，可能构成犯罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，员工可能面临有期徒刑、拘役或罚金等刑事处罚。公司可以向公安机关报案，由公安机关依法进行侦查和起诉。
三、实际操作建议
及时保留证据：公司在发现员工将公司财产据为己有时，应及时保留相关证据，如账目记录、监控录像、员工陈述等。这些证据在后续的内部处理或法律诉讼中都将起到重要作用。
咨询专业律师：在处理此类事件时，公司可以咨询专业律师的意见，以确保自己的处理方式合法合规，并最大限度地维护自己的权益。
加强内部管理：为了避免类似事件的再次发生，公司应加强内部管理，完善相关规章制度，并加强对员工的法制教育和职业道德教育。