公司以抽烟为由罚款2000元，一般不合法。具体分析如下：

1. 从罚款主体资格角度
   根据《行政处罚法》第十七条，只有行政机关或经法律授权的组织才能实施行政处罚。公司作为用人单位，并非行政机关，也未获得法律明确授权，因此不具备罚款的法定主体资格。即使公司通过规章制度规定罚款，该条款也可能因主体不适格而被认定无效。

2. 从罚款金额合理性角度
   即使公司规章制度中规定了罚款，根据《劳动合同法》第四条，规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）并公示。若未履行上述程序，罚款规定本身不合法。
   此外，罚款金额需符合“合理性”原则。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者原因造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若罚款2000元远超劳动者月工资的20%（例如月工资5000元时，20%仅为1000元），则罚款金额明显不合理，可能被认定为违法。

3. 从特殊场景角度
   若公司属于特殊行业（如化工、矿山等），因安全生产需要禁止吸烟，且规章制度中明确规定了吸烟的处罚措施（包括罚款），同时满足以下条件，罚款可能被认定合法：

   • 规章制度经民主程序制定并公示；
     
   • 罚款金额未超过劳动者月工资的20%；
     
   • 罚款目的仅为警示而非盈利（如罚款用于安全培训等）。
     但即使如此，单次罚款2000元仍可能因金额过高而被质疑合理性。

建议：
若公司以抽烟为由罚款2000元，劳动者可先与公司协商要求撤销罚款或退还部分金额；若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张罚款无效并要求公司返还罚款。如有进一步疑问，可直接向我咨询。