针对擅自离岗的员工，处理时应遵循依法依规、公平公正的原则，具体处理流程和措施可以依据以下步骤进行：
一、初步处理与调查核实
立即联系员工：
- 一旦发现员工擅自离岗，应立即通过电话、短信、邮件等多种方式联系员工，了解其离岗的具体原因，并保留好通讯记录作为证据。
- 若无法直接联系到员工，可尝试联系其紧急联系人或家庭成员，以获取更多信息。
发送书面返岗通知：
- 在合理时间内（通常1-3个工作日），通过邮政快递（EMS）等可查询投递状态的方式，向员工发送书面返岗通知。
- 通知中应明确要求员工限期返回岗位，并说明若未按时返岗将采取的具体处理措施。
二、根据违规情节的严重程度采取相应措施
轻微违规情况：
- 沟通教育：对于首次擅自离岗且时间较短，未对工作造成实质性影响的员工，主管或人力资源部门应与其进行沟通，了解离岗原因，提醒其遵守公司考勤制度和工作纪律，并要求其作出书面检讨。
- 警告处罚：若员工在一定期限内多次擅自离岗，但每次时间均较短，对工作产生一定干扰，可按照公司规章制度给予书面警告，并将警告记录存入员工个人档案。
较为严重违规情况：
- 扣减绩效奖金：若员工擅自离岗导致工作进度延误或质量下降，给团队或项目带来一定损失，可根据公司绩效考核制度扣减员工绩效得分，影响其绩效奖金，并要求其制定改进计划。
- 调整工作岗位或降职：若员工擅自离岗行为严重，经多次沟通教育和警告后仍未改正，可根据实际情况对员工进行岗位调整或降职处理。
严重违规情况：
- 解除劳动合同：若员工擅自离岗时间长，严重影响工作正常开展，给公司造成重大经济损失或恶劣影响，可依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，单方面解除劳动合同。解除决定需以书面形式通知员工，并告知其权利及申诉途径。
- 要求赔偿损失：若员工擅自离岗给公司造成直接经济损失，可依据《工资支付暂行规定》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，要求员工承担赔偿责任。赔偿费用可从其工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
三、后续管理与申诉渠道
提供申诉渠道：
- 对处理结果有异议的员工，应提供申诉渠道，如设立申诉邮箱、电话等，听取其意见并进行复查。
办理离职手续：
- 若解除劳动合同，需依法为员工办理离职手续，包括出具解除劳动合同证明、办理档案和社会保险关系转移等。
四、法律依据与注意事项
法律依据：
- 处理擅自离岗员工时，应严格依据《中华人民共和国劳动合同法》、《工资支付暂行规定》等相关法律法规进行。
保留证据：
- 在处理过程中，应保留好相关证据，如通知书送达回执、员工行为记录、沟通记录等，以备法律争议之需。
遵循公平、公正原则：
- 处理过程中应遵循公平、公正的原则，确保处理结果的合理性和合法性，避免因处理不当而引发法律纠纷。
综上所述，处理擅自离岗的员工需要综合考虑违规情节的严重程度、公司规章制度以及相关法律法规，采取适当的处理措施，并确保整个过程的合法性和合理性。