凌晨两点至五点客车行驶的处罚依据及具体情形如下：

1. 处罚依据
   根据《道路交通安全法实施条例》第六十二条第七项及《道路旅客运输企业安全管理规范》第三十八条，长途客运车辆在凌晨2时至5时禁止运行（特殊线路或接驳运输车辆除外）。此规定旨在减少疲劳驾驶风险，保障道路交通安全。

2. 具体处罚情形

   • 对驾驶员的处罚
     若客车违反规定在禁行时段行驶，驾驶员可能面临罚款200元、记6分的处罚（《道路交通安全法》第九十条）。若因疲劳驾驶导致事故，还可能涉及危险驾驶罪的刑事责任（《刑法》第一百三十三条之一）。
   • 对运输企业的处罚
     企业若未落实安全管理责任（如未安排接驳运输或未强制休息），可能被交通管理部门责令整改，并处1000元至5000元罚款（《道路旅客运输企业安全管理规范》第四十五条）。情节严重的，可能吊销道路运输经营许可证。

3. 例外情形

   • 接驳运输车辆：若企业按规定实行接驳运输（如更换驾驶员或停车休息），且车辆符合技术标准，可免于处罚。
     
   • 特殊线路：部分省份允许短途客运（如50公里以内）或农村客运在禁行时段运行，但需提前向交通部门备案。
     
   • 应急情况：如因自然灾害、突发事件等需紧急运输，驾驶员可事后向交警部门说明情况，免于处罚。

建议：若您是驾驶员或企业负责人，务必严格遵守禁行规定，合理安排运输计划。如遇特殊情况需在禁行时段行驶，建议提前咨询当地交通管理部门，确保合规运营。如有进一步疑问，可直接向我咨询。