自然资源局将土地违法申请按信访回复处理，违反了《信访条例》以及《国土资源信访规定》中关于信访事项分类处理的相关要求，若涉及具体行政行为违法认定，还可能涉及《土地管理法》及其实施条例中的程序规定。具体分析如下：

1. 《信访条例》的分类处理要求
   根据《信访条例》第十四条、第二十一条，信访部门对信访事项应按职责分工转送有权处理的行政机关。若土地违法申请属于行政执法范畴（如非法占地、破坏耕地等），自然资源局应依法启动行政调查程序，而非直接作为信访事项回复。若未履行法定调查职责，可能构成程序违法。

2. 《国土资源信访规定》的专项规定
   《国土资源信访规定》（自然资源部令第2号）第二十条明确，对涉及土地违法行为的信访事项，自然资源主管部门应按照《土地管理法》等法律法规调查处理。若将本应立案查处的违法申请作为普通信访回复，未出具《责令停止违法行为通知书》或《行政处罚决定书》，则违反该规定。

3. 《土地管理法》及实施条例的程序要求
   若土地违法申请涉及具体行政行为（如申请查处非法占地），自然资源局需依据《土地管理法》第六十七条、第七十七条等条款，履行立案、调查、告知、听证、决定等法定程序。直接以信访回复替代行政处理，可能剥夺相对人陈述申辩权，导致程序违法。

实务建议：

• 若收到信访形式回复但未启动行政程序，可向自然资源局书面提出《履行法定职责申请书》，要求其依法立案查处；
  
• 若仍不处理，可依据《行政复议法》第十二条向同级政府或上级自然资源部门申请复议，或依据《行政诉讼法》第十二条直接起诉；
  
• 回复中需注意保留申请书、送达回证、信访回复等证据，以证明自然资源局未履行法定职责。
  

如有进一步细节需要分析（如回复具体内容、申请事项类型等），可直接向我咨询。